Accounting for cellular heterogeneity is critical in epigenome-wide association studies.
Accounting for cellular heterogeneity is critical in epigenome-wide association studies.
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DOI：
10.1186/gb-2014-15-2-r31
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发表时间：
2014-02-04
期刊：
影响因子：
12.3
通讯作者：
Irizarry RA
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Jaffe AE;Irizarry RA
人类疾病和其他数量性状的表观基因组关联研究正变得越来越普遍。已经发表了一系列报道外周血DNA甲基化谱年龄相关变化的论文。然而，血液是不同细胞类型的异质集合，每种细胞类型都具有非常不同的DNA甲基化谱。使用一种统计方法，允许从DNA甲基化谱估计细胞类型的相对比例，我们检查了来自五项先前发表的研究的数据，并发现了血液中细胞组成随年龄变化的有力证据。我们还证明，在这些研究中，细胞组成解释了观察到的DNA甲基化的大部分变异性。此外，我们发现在CpG水平上，年龄相关的变异性和细胞组成之间存在高水平的混淆。我们的研究结果强调了在基于全血和其他异质组织来源的表观遗传学研究中考虑细胞组成变异性的重要性。我们还提供了用于估计和探索Illumina 450k微阵列的这种成分混杂的软件。
Epigenome-wide association studies of human disease and other quantitative traits are becoming increasingly common. A series of papers reporting age-related changes in DNA methylation profiles in peripheral blood have already been published. However, blood is a heterogeneous collection of different cell types, each with a very different DNA methylation profile. Using a statistical method that permits estimating the relative proportion of cell types from DNA methylation profiles, we examine data from five previously published studies, and find strong evidence of cell composition change across age in blood. We also demonstrate that, in these studies, cellular composition explains much of the observed variability in DNA methylation. Furthermore, we find high levels of confounding between age-related variability and cellular composition at the CpG level. Our findings underscore the importance of considering cell composition variability in epigenetic studies based on whole blood and other heterogeneous tissue sources. We also provide software for estimating and exploring this composition confounding for the Illumina 450k microarray.
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通讯作者：
Widschwendter M
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作者：
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通讯作者：
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DOI：
10.1038/nrg3000
发表时间：
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