A comprehensive examination of Nanopore native RNA sequencing for characterization of complex transcriptomes
A comprehensive examination of Nanopore native RNA sequencing for characterization of complex transcriptomes
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全面检查 Nanopore 天然 RNA 测序以表征复杂转录组
DOI：
10.1101/574525
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发表时间：
2019
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Soneson C
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Soneson C
牛津纳米孔技术公司最近描述了一种用于天然RNA链的高度平行直接测序的平台，但尽管有初步的努力，但进一步研究复杂转录组的定量技术仍然至关重要。在这里，我们对来自两个人类细胞系的polyA + RNA进行天然RNA测序，分析了约520万个比对的天然RNA读数。为了进行信息比较，我们还进行了相关的ONT直接cDNA和Illumina测序。我们发现，虽然天然RNA测序确实实现了一些预期的优势，但关键的意外方面目前阻碍了其性能，最明显的是经常无法从单读段获得全长转录本，以及难以明确推断其真实的转录本来源。虽然在研究更复杂的转录组时需要解决的问题，但我们的研究强调，通过一些明确的改进，天然RNA测序可能是哺乳动物转录组学工具箱的重要补充。
A platform for highly parallel direct sequencing of native RNA strands was recently described by Oxford Nanopore Technologies, but despite initial efforts it remains crucial to further investigate the technology for quantification of complex transcriptomes. Here we undertake native RNA sequencing of polyA + RNA from two human cell lines, analysing ~5.2 million aligned native RNA reads. To enable informative comparisons, we also perform relevant ONT direct cDNA- and Illumina-sequencing. We find that while native RNA sequencing does enable some of the anticipated advantages, key unexpected aspects currently hamper its performance, most notably the quite frequent inability to obtain full-length transcripts from single reads, as well as difficulties to unambiguously infer their true transcript of origin. While characterising issues that need to be addressed when investigating more complex transcriptomes, our study highlights that with some defined improvements, native RNA sequencing could be an important addition to the mammalian transcriptomics toolbox.
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DOI：
--
发表时间：
2015
期刊：
--
影响因子：
--
作者：
C. Soneson;Michael I. Love;Mark D. Robinson
通讯作者：
C. Soneson;Michael I. Love;Mark D. Robinson
影响因子：
48
作者：
Workman RE;Tang AD;Tang PS;Jain M;Tyson JR;Razaghi R;Zuzarte PC;Gilpatrick T;Payne A;Quick J;Sadowski N;Holmes N;de Jesus JG;Jones KL;Soulette CM;Snutch TP;Loman N;Paten B;Loose M;Simpson JT;Olsen HE;Brooks AN;Akeson M;Timp W
通讯作者：
Timp W
影响因子：
30.8
作者：
Pan, Qun;Shai, Ofer;Blencowe, Benjamin J.
通讯作者：
Blencowe, Benjamin J.
影响因子：
14.8
作者：
Grozhik, Anya V.;Jaffrey, Samie R.
通讯作者：
Jaffrey, Samie R.
使用 ONT CsgG Nanopore 系统进行稳健的长读长天然 DNA 测序
影响因子：
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作者：
Carter J
通讯作者：
Carter J