RELION: implementation of a Bayesian approach to cryo-EM structure determination.
RELION: implementation of a Bayesian approach to cryo-EM structure determination.
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DOI：
10.1016/j.jsb.2012.09.006
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发表时间：
2012-12
影响因子：
3
通讯作者：
Scheres, Sjors H. W.
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Scheres, Sjors H. W.
关键词：
ReliOn是一种开源计算机程序，用于通过电子冷冻显微镜(Cryo-EM)数据的单粒子分析来精炼大分子结构。虽然替代方法通常依赖于用户专业知识来调整参数，但ReliOn使用贝叶斯方法从数据中推断统计模型的参数。本文描述了降低基本最大后验概率(MAP)算法计算成本的发展，以及对确定单个粒子的相对取向的精度产生新的见解的统计考虑。还描述了一种防止过拟合的所谓金标准傅立叶壳相关(FSC)方法。由此产生的实现产生了高质量的重建和可靠的分辨率估计，用户干预最少，并且计算成本可以接受。
RELION, for REgularized LIkelihood OptimizatioN, is an open-source computer program for the refinement of macromolecular structures by single-particle analysis of electron cryo-microscopy (cryo-EM) data. Whereas alternative approaches often rely on user expertise for the tuning of parameters, RELION uses a Bayesian approach to infer parameters of a statistical model from the data. This paper describes developments that reduce the computational costs of the underlying maximum a posteriori (MAP) algorithm, as well as statistical considerations that yield new insights into the accuracy with which the relative orientations of individual particles may be determined. A so-called gold-standard Fourier shell correlation (FSC) procedure to prevent overfitting is also described. The resulting implementation yields high-quality reconstructions and reliable resolution estimates with minimal user intervention and at acceptable computational costs.
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