MFEprimer: multiple factor evaluation of the specificity of PCR primers
MFEprimer: multiple factor evaluation of the specificity of PCR primers
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MFEprimer：PCR引物特异性的多因素评估
DOI：
10.1093/bioinformatics/btn614
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发表时间：
2009-01-15
期刊：
影响因子：
5.8
通讯作者：
Zhang, Chenggang
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Qu, Wubin;Shen, Zhiyong;Zhang, Chenggang
总结
我们开发了一个名为MFEprimer的程序，用于基于多个因素来评估PCR引物的特异性，这些因素包括序列相似性、引物3 '端的稳定性、解链温度、GC含量以及引物与DNA模板之间的结合位点数。MFEprimer可以帮助用户在运行标准或多重PCR反应之前选择更合适的引物。10个广泛使用的物种的cDNA和基因组DNA数据库，以及用户自定义数据库，被用作DNA模板，用于分析引物特异性。此外，我们还维护了一个Primer3Plus服务器，该服务器带有经过修改的Primer3Manager，用于一站式引物设计和特异性检查。
SUMMARY
We developed a program named MFEprimer for evaluating the specificity of PCR primers based on multiple factors, including sequence similarity, stability at the 3'-end of the primer, melting temperature, GC content and number of binding sites between the primer and DNA templates. MFEprimer can help the user to select more suitable primers before running either standard or multiplex PCR reactions. The cDNA and genomic DNA databases of 10 widely used species, as well as user custom databases, were used as DNA templates for analyzing primers specificity. Furthermore, we maintained a Primer3Plus server with a modified Primer3Manager for one-stop primer design and specificity checking.