HTRIdb: an open-access database for experimentally verified human transcriptional regulation interactions.
HTRIdb: an open-access database for experimentally verified human transcriptional regulation interactions.
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DOI：
10.1186/1471-2164-13-405
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发表时间：
2012-08-17
期刊：
影响因子：
4.4
通讯作者：
Lemke N
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Bovolenta LA;Acencio ML;Lemke N
将转录因子（TFs）及其各自的靶基因（TGs）之间的相互作用建模为转录调控网络，对于全面理解生物过程的调控至关重要。就经过实验验证的人类转录因子 - 靶基因相互作用而言，尽管已有许多包含人类转录因子 - 靶基因相互作用数据的数据库，但目前没有一个数据库明确提供此类信息。为了给研究人员提供一个经过实验验证的人类转录因子 - 靶基因相互作用的知识库，以便能够直接从中提取此类相互作用，我们在此介绍人类转录调控相互作用数据库（HTRIdb）。
HTRIdb是一个开放获取的数据库，可以通过用户友好的网络界面进行搜索，检索到的转录因子 - 靶基因相互作用数据以及相关的蛋白质 - 蛋白质相互作用可以通过流行的Cytoscape可视化工具的网络版Cytoscape Web进行下载或作为网络交互式可视化。此外，用户可以通过上传自己的相互作用数据并指出数据中的不一致之处来提高数据库质量。到目前为止，HTRIdb已收录了284个转录因子，它们调控18302个基因，总计51871个转录因子 - 靶基因相互作用。HTRIdb可在http://www.lbbc.ibb.unesp.br/htri免费获取。
HTRIdb是一个强大的、用户友好的工具，从中可以轻松提取经过人类实验验证的转录因子 - 靶基因相互作用，并用于构建转录调控相互作用网络，使研究人员能够解读生物过程的调控。
The modeling of interactions among transcription factors (TFs) and their respective target genes (TGs) into transcriptional regulatory networks is important for the complete understanding of regulation of biological processes. In the case of experimentally verified human TF-TG interactions, there is no database at present that explicitly provides such information even though many databases containing human TF-TG interaction data have been available. In an effort to provide researchers with a repository of experimentally verified human TF-TG interactions from which such interactions can be directly extracted, we present here the Human Transcriptional Regulation Interactions database (HTRIdb). The HTRIdb is an open-access database that can be searched via a user-friendly web interface and the retrieved TF-TG interactions data and the associated protein-protein interactions can be downloaded or interactively visualized as a network through the web version of the popular Cytoscape visualization tool, the Cytoscape Web. Moreover, users can improve the database quality by uploading their own interactions and indicating inconsistencies in the data. So far, HTRIdb has been populated with 284 TFs that regulate 18302 genes, totaling 51871 TF-TG interactions. HTRIdb is freely available at http://www.lbbc.ibb.unesp.br/htri. HTRIdb is a powerful user-friendly tool from which human experimentally validated TF-TG interactions can be easily extracted and used to construct transcriptional regulation interaction networks enabling researchers to decipher the regulation of biological processes.
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