Cis-directed cleavage and nonstoichiometric abundances of 21-nt reproductive phasiRNAs in grasses
Cis-directed cleavage and nonstoichiometric abundances of 21-nt reproductive phasiRNAs in grasses
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草中 21-nt 生殖 phasiRNA 的顺式定向切割和非化学计量丰度
DOI：
10.1101/243907
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发表时间：
2018-01
期刊：
影响因子：
9.4
通讯作者：
Meyers BC
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Tamim S;Cai Z;Mathioni SM;Zhai J;Teng C;Zhang Q;Meyers BC
植物中转录后基因沉默是由不同小RNA类型的独立活动引起的。在禾本科植物的花药中，数百个基因座产生非编码RNA，这些非编码RNA被加工成21-和24-nt定相的小干扰RNA（phasiRNA）;这些由miR 2118和miR 2275触发。我们在7个发育阶段对来自水稻穗和花药的这些“生殖phasiRNAs”进行了表征。我们的计算分析确定了影响其生物起源、稳定性和潜在功能的21-nt生殖phasiRNA的特征。我们证明了21-nt的生殖phasiRNAs可以顺式发挥作用，靶向它们自己的前体。我们在水稻和玉米中都观察到了这种顺式调节活性的证据。我们用切割的证据和由此产生的phasiRNA产生模式的转变验证了这种活性。我们表征了phasiRNA生物发生中的偏差，表明Pol II衍生的“顶部”链phasiRNA的丰度始终高于底部链。来自每个前体的第一个phasiRNA与miR 2118靶位点重叠，这影响了phasiRNA的积累或稳定性，这在该phasiRNA位置的弱积累中是明显的。对第一个phasiRNA双链体的其他影响包括序列组成和长度，我们表明这些因素影响Argonaute加载。
Post-transcriptional gene silencing in plants results from independent activities of diverse small RNA types. In anthers of grasses, hundreds of loci yield non-coding RNAs that are processed into 21- and 24-nt phased small interfering RNAs (phasiRNAs); these are triggered by miR2118 and miR2275. We characterized these “reproductive phasiRNAs” from rice panicles and anthers across seven developmental stages. Our computational analysis identified characteristics of the 21-nt reproductive phasiRNAs that impact their biogenesis, stability, and potential functions. We demonstrate that 21-nt reproductive phasiRNAs can function in cis to target their own precursors. We observed evidence of this cis regulatory activity in both rice (Oryza sativa) and maize (Zea mays). We validated this activity with evidence of cleavage and a resulting shift in the pattern of phasiRNA production. We characterize biases in phasiRNA biogenesis, demonstrating that the Pol II-derived “top” strand phasiRNAs are consistently higher abundance than the bottom strand. The first phasiRNA from each precursor overlaps the miR2118 target site, and this impacts phasiRNA accumulation or stability, evident in the weak accumulation of this phasiRNA position. Additional influences on this first phasiRNA duplex include the sequence composition and length, and we show that these factors impact Argonaute loading.
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HESO1 和 URT1 核苷酸转移酶在拟南芥中 microRNA 周转中的独特和协同活性。
影响因子：
4.5
作者：
Tu B;Liu L;Xu C;Zhai J;Li S;Lopez MA;Zhao Y;Yu Y;Ramachandran V;Ren G;Yu B;Li S;Meyers BC;Mo B;Chen X
通讯作者：
Chen X
影响因子：
4.8
作者：
Zhai, Jixian;Arikit, Siwaret;Meyers, Blake C.
通讯作者：
Meyers, Blake C.
DOI：
10.1073/pnas.0611119104
发表时间：
2007-02-27
影响因子：
11.1
作者：
Chen, Ho-Ming;Li, Yi-Hang;Wu, Shu-Hsing
通讯作者：
Wu, Shu-Hsing
影响因子：
11.6
作者：
Howell, Miya D.;Fahlgren, Noah;Carrington, James C.
通讯作者：
Carrington, James C.
影响因子：
10.5
作者：
Zhai, Jixian;Jeong, Dong-Hoon;Meyers, Blake C.
通讯作者：
Meyers, Blake C.