Finding Our Way in the Dark Proteome.
Finding Our Way in the Dark Proteome.
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DOI：
10.1021/jacs.6b06543
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发表时间：
2016-08-10
影响因子：
15
通讯作者：
Head-Gordon T
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Bhowmick A;Brookes DH;Yost SR;Dyson HJ;Forman-Kay JD;Gunter D;Head-Gordon M;Hura GL;Pande VS;Wemmer DE;Wright PE;Head-Gordon T
传统的结构-功能范式为充分折叠的蛋白质提供了重要的见解，其中的结构可以通过x射线晶体学光束线轻松快速地揭示。然而，大约三分之一的人类蛋白质组由内在无序的蛋白质和区域（IDPs/IDRs）组成，这些蛋白质和区域不采用显性的良好折叠结构，因此通过传统的结构生物学方法仍然是“看不见的”。这篇展望文章考虑了“黑暗蛋白质组”带来的挑战，其中确定IDPs在自由状态下的不同构象亚态，在遇到结合态的复合物中，以及在保留显著无序的复合物中，需要前所未有的基于多个和互补的基于解决方案的实验的集成水平，这些实验使用最先进的分子模拟，贝叶斯概率模型和高通量计算进行分析。我们设想这些不同的实验和计算工具如何通过形成“计算光束线”来协同工作，这将允许在IDP结构集成中识别关键功能特征。
The traditional structure-function paradigm has provided significant insights for well-folded proteins in which structures can be easily and rapidly revealed by X-ray crystallography beamlines. However approximately one third of the human proteome are comprised of intrinsically disordered proteins and regions (IDPs/IDRs) that do not adopt a dominant well-folded structure, and therefore remain “unseen” by traditional structural biology methods. This Perspective article considers the challenges raised by the “Dark Proteome”, in which determining the diverse conformational substates of IDPs in their free states, in encounter complexes of bound states, and in complexes retaining significant disorder, requires an unprecedented level of integration of multiple and complementary solution-based experiments that are analyzed with state-of-the art molecular simulation, Bayesian probabilistic models, and high throughput computation. We envision how these diverse experimental and computational tools can work together through formation of a “computational beamline” that will allow key functional features to be identified in IDP structural ensembles.
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影响因子：
16.6
作者：
Binolfi A;Limatola A;Verzini S;Kosten J;Theillet FX;Rose HM;Bekei B;Stuiver M;van Rossum M;Selenko P
通讯作者：
Selenko P
DOI：
10.1073/pnas.0407146102
发表时间：
2005-02-01
影响因子：
11.1
作者：
Bertoncini, CW;Jung, YS;Zweckstetter, M
通讯作者：
Zweckstetter, M
影响因子：
6.1
作者：
Anthis NJ;Clore GM
通讯作者：
Clore GM
DOI：
10.1111/febs.12422
发表时间：
2013-09
期刊：
The FEBS journal
影响因子：
--
作者：
Bozoky Z;Krzeminski M;Chong PA;Forman-Kay JD
通讯作者：
Forman-Kay JD
影响因子：
3.3
作者：
Antonov, L. D.;Olsson, S.;Hamelryck, T.
通讯作者：
Hamelryck, T.