Phylogenetic study of Ameiurus melas based on complete mitochondrial DNA sequence
Phylogenetic study of Ameiurus melas based on complete mitochondrial DNA sequence
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基于完整线粒体DNA序列的黑腹鲫鱼系统发育研究
DOI：
10.3109/19401736.2015.1106511
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发表时间：
2016-11
影响因子：
--
通讯作者：
Zhong Yang
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Fan Yu;Juhua Yu;Yi Zhou;Jinpeng Yan;Yanhong Fang;Wenjun Wang;Zhong Yang
摘要本研究利用16对引物对黑尾油鲶线粒体DNA进行了扩增。线粒体基因组全长16 512 bp，GenBank登录号为KT 804702。基因排列和转录方向与其它硬骨鱼相似，含有37个基因（13个蛋白质编码基因，2个核糖体RNA和22个转运RNA）和一个主要的非编码控制区。其中G含量最低（17.36%），A. melas（GC偏差=-0.24）偏向G，负GC偏差范围从-0.44（ND 6）到-0.13（CO 1）。系统发育研究表明，A.黑斑鱼与斑点叉尾鱼聚在一起，为姐妹群。但其他鲤科鱼类的系统发育关系存在一定差异，如巨齿鲷和鲇，有待进一步研究。
Abstract In our research, 16 sets of primers were used to amplify contiguous, overlapping segments of the complete mitochondrial DNA (mtDNA) of Ameiurus melas. The total length of the mitochondrial genome is 16 512 bp and deposited in the GenBank with accession no. KT804702. The gene arrangement and transcriptional direction were similar to other bony fishes which contained 37 genes (13 protein-coding genes, 2 ribosomal RNA, and 22 transfer RNAs) and a major non-coding control region. The G contents were lowest (17.36%) and the nucleotide skewness for the coding strands of A. melas (GC-skew = −0.24) is biased toward G and the negative GC-skew ranges from −0.44 (ND6) to −0.13 (CO1). The phylogenetic studies indicate that A. melas and the Ictalurus punctatus are cluster together, they are sister group. However, the phylogenetic relationship of other Cyprininae has some differences, such as Pangasianodon gigas and Silurus asotus, which need further research.
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