Visual proteomics of the human pathogen Leptospira interrogans.
Visual proteomics of the human pathogen Leptospira interrogans.
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DOI：
10.1038/nmeth.1390
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发表时间：
2009-11
期刊：
影响因子：
48
通讯作者：
Aebersold, Ruedi
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Beck, Martin;Malmstroem, Johan A.;Lange, Vinzenz;Schmidt, Alexander;Deutsch, Eric W.;Aebersold, Ruedi
系统生物学将生物系统概念化为相互作用元素的动态网络，因此重要的功能特性被认为是从这种网络的结构中出现的。由于相互作用蛋白质复合物在生物系统中无处不在的作用，它们的亚基组成和细胞内的时间和空间排列特别令人感兴趣。“视觉蛋白质组学”试图通过模板匹配参考结构到冷冻电子断层图来定位完整细胞内的单个大分子复合物。在这里，我们结合了定量质谱和低温电子断层扫描来检测、计数和定位人类病原体钩端螺旋体细胞质内的特定蛋白质复合物。我们描述了一种新的视觉蛋白质组学评分函数，并评估了它在现实条件下的性能和准确性。我们讨论了该方法的当前和一般限制，以及未来的预期改进。
Systems biology conceptualizes biological systems as dynamic networks of interacting elements, whereby functionally important properties are thought to emerge from the structure of such networks. Due to the ubiquitous role of complexes of interacting proteins in biological systems, their subunit composition and temporal and spatial arrangement within the cell are of particular interest. ‘Visual proteomics’ attempts to localize individual macromolecular complexes inside of intact cells by template matching reference structures into cryo electron tomograms. Here we have combined quantitative mass spectrometry and cryo electron tomography to detect, count and localize specific protein complexes within the cytoplasm of the human pathogen Leptospira interrogans. We describe a novel scoring function for visual proteomics and assess its performance and accuracy under realistic conditions. We discuss current and general limitations of the approach, as well as expected improvements in the future.
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影响因子：
64.8
作者：
Malmström J;Beck M;Schmidt A;Lange V;Deutsch EW;Aebersold R
通讯作者：
Aebersold R
影响因子：
4.8
作者：
Kennaway, CK;Benesch, JLP;Keep, NH
通讯作者：
Keep, NH
影响因子：
3
作者：
Ortiz, Julio O.;Foerster, Friedrich;Baumeister, Wolfgang
通讯作者：
Baumeister, Wolfgang
影响因子：
2.9
作者：
Dresios, J;Derkatch, IL;Synetos, D
通讯作者：
Synetos, D
影响因子：
64.5
作者：
Brandt, Florian;Etchells, Stephanie A.;Baumeister, Wolfgang
通讯作者：
Baumeister, Wolfgang