Identification of prolyl hydroxylation modifications in mammalian cell proteins.
Identification of prolyl hydroxylation modifications in mammalian cell proteins.
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DOI：
10.1002/pmic.201400398
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发表时间：
2015-04
期刊：
影响因子：
3.4
通讯作者：
Lee, Frank S.
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Arsenault, Patrick R.;Heaton-Johnson, Katherine J.;Li, Lin-sheng;Song, Daisheng;Ferreira, Vinicius S.;Patel, Nish;Master, Stephen R.;Lee, Frank S.
脯氨酰羟化是一种翻译后修饰（PTM），在胶原纤维的形成和缺氧诱导因子-α（HIF-α）的氧依赖性调节中起重要作用。虽然这种修饰已经在这些蛋白质的背景下得到了很好的表征，但仍然不清楚它在剩余的哺乳动物蛋白质组中发生的程度。我们探讨了这个问题，使用质谱分析细胞提取物进行各种分馏策略。在一种策略中，我们采用识别脯氨酰羟基化HIF-α的von Hippel Lindau肿瘤抑制蛋白（VHL）作为生成羟脯氨酸捕获试剂的支架。我们报告了5种蛋白质中脯氨酰羟基化的新位点：FK 506结合蛋白10（FKBP 10）、肌球蛋白重链10（MYH 10）、己糖激酶2（HK 2）、丙酮酸激酶（PKM）和C-1四氢叶酸合酶（MTHFD 1）。此外，我们表明，脯氨酰羟基化的鉴定提出了一个重大的技术挑战，由于广泛的同量异位蛋氨酸氧化，在这种情况下，手动检查的光谱修饰肽的验证是至关重要的。
Prolyl hydroxylation is a post-translational modification (PTM) that plays an important role in the formation of collagen fibrils and in the oxygen-dependent regulation of Hypoxia Inducible Factor-α (HIF-α). While this modification has been well characterized in the context of these proteins, it remains unclear to what extent it occurs in the remaining mammalian proteome. We explored this question using mass spectrometry to analyze cellular extracts subjected to various fractionation strategies. In one strategy, we employed the von Hippel Lindau tumor suppressor protein (VHL), which recognizes prolyl hydroxylated HIF-α, as a scaffold for generating hydroxyproline capture reagents. We report novel sites of prolyl hydroxylation within five proteins: FK506-binding protein 10 (FKBP10), Myosin heavy chain 10 (MYH10), Hexokinase 2 (HK2), Pyruvate Kinase (PKM), and C-1 Tetrahydrofolate synthase (MTHFD1). Furthermore, we show that identification of prolyl hydroxylation presents a significant technical challenge owing to widespread isobaric methionine oxidation, and that manual inspection of spectra of modified peptides in this context is critical for validation.
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影响因子：
7.3
作者：
Xie L;Xiao K;Whalen EJ;Forrester MT;Freeman RS;Fong G;Gygi SP;Lefkowitz RJ;Stamler JS
通讯作者：
Stamler JS
DOI：
10.1073/pnas.1309718110
发表时间：
2013-11-12
影响因子：
11.1
作者：
Scholz, Carsten C.;Cavadas, Miguel A. S.;Taylor, Cormac T.
通讯作者：
Taylor, Cormac T.
影响因子：
14.8
作者：
Rappsilber, Juri;Mann, Matthias;Ishihama, Yasushi
通讯作者：
Ishihama, Yasushi
DOI：
10.1016/j.bbrc.2006.09.170
发表时间：
2006-12-15
影响因子：
3.1
作者：
Landazuri, Manuel O.;Vara-Vega, Alicia;del Peso, Luis
通讯作者：
del Peso, Luis
DOI：
10.1073/pnas.0602235103
发表时间：
2006-11-28
影响因子：
11.1
作者：
Cummins, Eoin P.;Berra, Edurne;Taylor, Cormac T.
通讯作者：
Taylor, Cormac T.