Detection and Quantification of Protein Spots by Pinnacle.
Detection and Quantification of Protein Spots by Pinnacle.
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Pinnacle 对蛋白质斑点的检测和定量。
DOI：
10.1007/978-1-4939-3255-9_11
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发表时间：
2016
期刊：
影响因子：
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通讯作者：
Gutstein,HowardB
中科院分区：
文献类型：
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作者：
Morris,JeffreyS;Gutstein,HowardB
准确的斑点检测和定量是一项具有挑战性的任务，必须有效地执行，以正确地提取蛋白质组信息的二维（2-D）凝胶电泳图像。在Morris等人的研究中，Bioinformatics 24：529-536，2008中，我们介绍了Pinnacle，一种用于2-D凝胶图像的斑点检测和定量的自动、快速、有效的非商业软件包，随后我们开发了一种可免费获得的基于GUI的界面，用于将该方法应用于一组凝胶。在这一章中，我们概述Pinnacle，并在一步一步的方式，我们描述了如何使用该软件来获得斑点列表和定量，用于比较蛋白质组学分析。
Accurate spot detection and quantification is a challenging task that must be performed effectively in order to properly extract the proteomic information from two-dimensional (2-D) gel electrophoresis images. In Morris et al., Bioinformatics 24:529–536, 2008, we introducedPinnacle, an automatic, fast, effective noncommercial package for spot detection and quantification for 2-D gel images, and subsequently we have developed a freely available gui-based interface for applying the method to a set of gels. In this chapter, we overviewPinnacle, and in a step-by-step manner we describe how to use the software to obtain spot lists and quantifications, to be used for comparative proteomic analysis.