猪流行性腹泻病毒RAA-CRISPR/Cas13a检测方法的建立与初步应用

猪流行性腹泻病毒RAA-CRISPR/Cas13a检测方法的建立与初步应用
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DOI：
10.11843/j.issn.0366-6964.2023.09.037
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发表时间：
2023
期刊：
畜牧兽医学报
影响因子：
--
通讯作者：
祁克宗
祁克宗
中科院分区：
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文献类型：
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作者：
刘华;殷冬冬;邵颖;宋祥军;王振宇;潘孝成;涂健;何长生;朱良强;祁克宗

文献摘要

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将重组酶辅助扩增技术(recombinase aided amplification,RAA)与规律间隔性成簇短回文重复序列相关Cas13a蛋白(CRISPR-Cas13a)技术相结合,即RAA-Cas13a,建议建立高效、灵敏、特异的猪流行性腹泻病毒(porcine epidemic diarrhea virus,PEDV)检测方法。针对PEDV N基因保守区设计RAA特异性引物和CRISPR RNA (crRNA),利用RAA技术扩增样本核酸,并进行CRISPR-Cas13a荧光检测,以RT-qPCR为对照方法,评价该方法的灵敏度、特异性及与RT-qPCR法的一致性。结果表明,该方法最低可检测至101 copies·μL~(-1),且与猪圆环病毒1型、猪圆环病毒2型、猪圆环病毒3型、猪繁殖与呼吸综合征病毒、猪瘟病毒及猪伪狂犬病病毒等常见猪源病原核酸检测无交叉反应。采用RAA-Cas13a检测40份临床样本与RT-qPCR方法阳性符合率为100%,阴性符合率为84.6%,总符合率为95%,Kappa值为0.881。本研究建立的RAA-Cas13a方法灵敏度高、特异性强,为PEDV的临床诊断和流行病学监测提供了可靠的技术手段。