基于 GBS-seq 的青藏扁蓿豆 SNP 标记开发
基于 GBS-seq 的青藏扁蓿豆 SNP 标记开发
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DOI：
10.13560/j.cnki.biotech.bull.1985.2021-0906
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发表时间：
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期刊：
影响因子：
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通讯作者：
王海庆
中科院分区：
文献类型：
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作者：
周晓楠;徐金青;王海庆
开发青藏扁蓿豆（ Medicago archiducis-nicolai） 单核苷酸多态性标记（Single nucleotide polymorphism，SNP）， 并.开展遗传多样性初步分析， 为青藏扁蓿豆种质资源的评价与利用提供理论支持。 以 5 个青藏扁蓿豆群体共 80 份材料进行 GBS.（Genotyping-by-sequencing） 测序， 采用 GATK 软件开发 SNP 标记， 并以此进行遗传结构和遗传多样性的初步分析。 测序产生的序.列数据量为 60.79 Gb， 过滤后共获得 12 796 个 SNP 位点， 且 SNP 突变类型存在明显的转换型偏差现象。 不同地理来源青藏扁蓿豆.群体观测杂合度（ HO） 为 0.18768-0.30436， 期望杂合度（ HE） 为 0.20197-0.36434， 遗传多样性指数为（Pi）0.17832-0.24134 ； 祁.连（QLCD） 群体具有相对最高的遗传多样性水平。 遗传结构分析表明 5 个群体分为 2 组， 且群体遗传距离与地理距离之间存在极.显著的正相关性。SNP 标记适用于青藏扁蓿豆遗传多样性分析。