Differential SELEX in human glioma cell lines.
Differential SELEX in human glioma cell lines.
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DOI：
10.1371/journal.pone.0007971
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发表时间：
2009-11-24
期刊：
影响因子：
3.7
通讯作者：
de Franciscis V
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Cerchia L;Esposito CL;Jacobs AH;Tavitian B;de Franciscis V
治疗干预的成功希望在很大程度上依赖于高精度地区分相近肿瘤类型的可能性。事实上，在过去十年中，预测对给定治疗计划的反应性的一个主要挑战是识别肿瘤特异性特征，目的是减少对治疗无反应的肿瘤患者出现不良副作用的频率。在这里，我们开发了一种基于体外进化的方法，称为差异全细胞SELEX，以生成一组针对细胞表面表位的高亲和力核酸配体。这些配体被称为适体，是通过使用人类 U87MG 神经胶质瘤细胞作为靶标的随机序列库的迭代进化获得的。选择的目的是为了将 U87MG 与恶性程度较低的细胞系 T98G 区分开来。我们分离出的分子能够产生独特的结合模式，足以明确识别所分析的任何测试的人类神经胶质瘤细胞系，并区分高致瘤细胞系和低致瘤细胞系或非致瘤细胞系。其中五个适体充当特定细胞内途径的抑制剂，因此表明假定的靶标可能是重要的表面信号分子。差异化全细胞 SELEX 揭示了一种广泛适用于癌细胞的令人兴奋的策略，该策略允许生成癌症生物标志物的高度特异性配体。
The hope of success of therapeutic interventions largely relies on the possibility to distinguish between even close tumor types with high accuracy. Indeed, in the last ten years a major challenge to predict the responsiveness to a given therapeutic plan has been the identification of tumor specific signatures, with the aim to reduce the frequency of unwanted side effects on oncologic patients not responding to therapy. Here, we developed an in vitro evolution-based approach, named differential whole cell SELEX, to generate a panel of high affinity nucleic acid ligands for cell surface epitopes. The ligands, named aptamers, were obtained through the iterative evolution of a random pool of sequences using as target human U87MG glioma cells. The selection was designed so as to distinguish U87MG from the less malignant cell line T98G. We isolated molecules that generate unique binding patterns sufficient to unequivocally identify any of the tested human glioma cell lines analyzed and to distinguish high from low or non-tumorigenic cell lines. Five of such aptamers act as inhibitors of specific intracellular pathways thus indicating that the putative target might be important surface signaling molecules. Differential whole cell SELEX reveals an exciting strategy widely applicable to cancer cells that permits generation of highly specific ligands for cancer biomarkers.
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DOI：
10.1007/978-1-59745-557-2_5
发表时间：
2009
期刊：
Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
影响因子：
--
作者：
Cerchia, Laura;Giangrande, Paloma H;McNamara, James O;de Franciscis, Vittorio
通讯作者：
de Franciscis, Vittorio
影响因子：
10.5
作者：
Diehl, JA;Zindy, F;Sherr, CJ
通讯作者：
Sherr, CJ
影响因子：
5.6
作者：
Tasset, DM;Kubik, MF;Steiner, W
通讯作者：
Steiner, W
影响因子：
12.7
作者：
DERIDDER, LI;LAERUM, OD;BIGNER, DD
通讯作者：
BIGNER, DD
影响因子：
3.7
作者：
Esposito CL;D'Alessio A;de Franciscis V;Cerchia L
通讯作者：
Cerchia L