On Obtaining Boltzmann-Distributed Configurational Ensembles from Expanded Ensemble Simulations with Fast State Mixing.
On Obtaining Boltzmann-Distributed Configurational Ensembles from Expanded Ensemble Simulations with Fast State Mixing.
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基于快速状态混合的扩展系综模拟获得玻尔兹曼分布构型系综
DOI：
10.1021/acs.jctc.9b00100
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发表时间：
2019
影响因子：
5.5
通讯作者：
L. Schäfer
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
S. Wingbermühle;L. Schäfer
在扩展环境（EXE）或模拟回火模拟中，系统的（有效）温度经常更新以增强配置采样。我们研究了EXE状态更新间隔τ在过于频繁的更新妨碍玻尔兹曼采样之前可以变得多短。模拟丙氨酸二肽在明确的水，我们表明，一个混合MC/MD积分可靠地产生玻尔兹曼分布的配置，无论τ。然而，在具有短τ的MD驱动的EXE模拟中，配置集合取决于恒温器设置。
InExpanded Ensemble(EXE) orSimulated Temperingsimulations, the system’s (effective) temperature is frequently updated to enhance configurational sampling. We investigated how short the EXE state update interval τ can become before too frequent updates impede Boltzmann sampling. Simulating alanine dipeptide in explicit water, we show that a hybrid MC/MD integrator reliably yields Boltzmann-distributed configurations regardless of τ. However, in MD-driven EXE simulations with short τ, configurational ensembles depend on the thermostat settings.
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影响因子：
5.5
作者：
Daniel J. Sindhikara;Daniel J. Emerson;A. Roitberg
通讯作者：
Daniel J. Sindhikara;Daniel J. Emerson;A. Roitberg
影响因子：
4.4
作者：
Chodera, John D.;Shirts, Michael R.
通讯作者：
Shirts, Michael R.
DOI：
10.1073/pnas.0506346102
发表时间：
2005-09-27
影响因子：
11.1
作者：
Liu, P;Kim, B;Berne, BJ
通讯作者：
Berne, BJ
影响因子：
5.5
作者：
Pan, Albert C.;Weinreich, Thomas M.;Shaw, David E.
通讯作者：
Shaw, David E.
影响因子：
3.3
作者：
Wang, Lingle;Friesner, Richard A.;Berne, B. J.
通讯作者：
Berne, B. J.