Inferring polyploid phylogenies from multiply-labeled gene trees.
Inferring polyploid phylogenies from multiply-labeled gene trees.
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DOI：
10.1186/1471-2148-9-216
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发表时间：
2009-08-28
影响因子：
3.4
通讯作者：
Moulton V
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Lott M;Spillner A;Huber KT;Petri A;Oxelman B;Moulton V
在重建多倍体物种进化历史的背景下出现的基因树通常是多重标记的，也就是说，同一个叶标签可以在一棵树中出现多次。与通常的系统发育树相比，这种属性使形成这种树的集合的共识的任务相当复杂。我们提出了一种计算多标记树的一致性树的方法。与著名的贪婪共识树方法的系统发育树，我们的方法首先打破了给定的基因树的集合成一组集群。然后，它的目标是将这些聚类一次一个地插入到树中，从大多数基因树支持的聚类开始。由于决定集群是否可以插入多标记树的问题在计算上很困难，我们开发了一种启发式方法来解决这个问题。我们说明了我们的方法的适用性，使用两个集合的树木的植物属蝇子草，涉及几个异源多倍体在不同的水平。
Gene trees that arise in the context of reconstructing the evolutionary history of polyploid species are often multiply-labeled, that is, the same leaf label can occur several times in a single tree. This property considerably complicates the task of forming a consensus of a collection of such trees compared to usual phylogenetic trees. We present a method for computing a consensus tree of multiply-labeled trees. As with the well-known greedy consensus tree approach for phylogenetic trees, our method first breaks the given collection of gene trees into a set of clusters. It then aims to insert these clusters one at a time into a tree, starting with the clusters that are supported by most of the gene trees. As the problem to decide whether a cluster can be inserted into a multiply-labeled tree is computationally hard, we have developed a heuristic method for solving this problem. We illustrate the applicability of our method using two collections of trees for plants of the genus Silene, that involve several allopolyploids at different levels.
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影响因子：
6.5
作者：
Smedmark, JEE;Eriksson, T;Campbell, CS
通讯作者：
Campbell, CS
影响因子：
4.1
作者：
Grundt, HH;Popp, M;Oxelman, B
通讯作者：
Oxelman, B
影响因子：
1.9
作者：
Huber, KT;Moulton, V
通讯作者：
Moulton, V
DOI：
10.1111/j.1095-8312.2004.00343.x
发表时间：
2004-08-01
影响因子：
1.9
作者：
Doyle, JJ;Doyle, JL;Brown, AHD
通讯作者：
Brown, AHD
影响因子：
1.7
作者：
Huber, Katharina T.;Lott, Martin;Spillner, Andreas
通讯作者：
Spillner, Andreas