Identification and Characterization of an Intergenic "Safe Haven" Region in Human Fungal Pathogen Cryptococcus gattii.
Identification and Characterization of an Intergenic "Safe Haven" Region in Human Fungal Pathogen Cryptococcus gattii.
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DOI：
10.3390/jof8020178
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发表时间：
2022-02-11
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Lin X
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Li Y;Pham T;Xie X;Lin X
格特隐球菌是一种主要的真菌病原体，它会导致肺部和脑部感染的健康以及免疫功能低下的个人。该病原体的遗传操作被广泛用于研究其生物学和发病机制，并且需要将外源DNA整合到基因组中。因此，鉴定其中整合的外源DNA可以表达而不影响附近基因或不受附近基因影响的无基因区域将是极其有价值的。为了实现这一目标，我们检查了公开可用的C。gattii的基因组序列，并在参考菌株R265中鉴定出两个基因间区域，命名为CgSH 1和CgSH 2，作为潜在的“安全港”区域。我们发现，在这两个基因间区域插入荧光报告基因和选择标记并不影响其相邻基因的表达，也有效地表达，正如预期的那样。此外，CgSH 1或CgSH 2的DNA整合对C. gattii，其对各种应激的反应，或巨噬细胞的吞噬作用。因此，在C. gattii为研究人员提供了一个有效工具，以减少遗传实验中的变异和增加重复性。
Cryptococcus gattii is a primary fungal pathogen, which causes pulmonary and brain infections in healthy as well as immunocompromised individuals. Genetic manipulations in this pathogen are widely employed to study its biology and pathogenesis, and require integration of foreign DNA into the genome. Thus, identification of gene free regions where integrated foreign DNA can be expressed without influencing, or being influenced by, nearby genes would be extremely valuable. To achieve this goal, we examined publicly available genomes and transcriptomes of C. gattii, and identified two intergenic regions in the reference strain R265 as potential “safe haven” regions, named as CgSH1 and CgSH2. We found that insertion of a fluorescent reporter gene and a selection marker at these two intergenic regions did not affect the expression of their neighboring genes and were also expressed efficiently, as expected. Furthermore, DNA integration at CgSH1 or CgSH2 had no apparent effect on the growth of C. gattii, its response to various stresses, or phagocytosis by macrophages. Thus, the identified safe haven regions in C. gattii provide an effective tool for researchers to reduce variation and increase reproducibility in genetic experiments.
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DOI：
10.1016/j.fgb.2020.103464
发表时间：
2020-11
期刊：
Fungal genetics and biology : FG & B
影响因子：
--
作者：
Fan Y;Lin X
通讯作者：
Lin X
葡萄糖胺引起的独特细胞壁合成反应决定了致病性相关的真菌细胞分化
影响因子：
4.5
作者：
Hu P;Ding H;Shen L;He GJ;Liu H;Tian X;Tao C;Bai X;Liang J;Jin C;Xu X;Yang E;Wang L
通讯作者：
Wang L
影响因子：
3.7
作者：
Arras SD;Chitty JL;Blake KL;Schulz BL;Fraser JA
通讯作者：
Fraser JA
影响因子：
4.4
作者：
Meng, Yunfang;Fan, Yumeng;Lin, Xiaorong
通讯作者：
Lin, Xiaorong
影响因子：
6.4
作者：
Lin J;Pham T;Hipsher K;Glueck N;Fan Y;Lin X
通讯作者：
Lin X