ABLE: blockwise site frequency spectra for inferring complex population histories and recombination.
ABLE: blockwise site frequency spectra for inferring complex population histories and recombination.
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DOI：
10.1186/s13059-018-1517-y
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发表时间：
2018-09-25
期刊：
影响因子：
12.3
通讯作者：
Lohse K
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Beeravolu CR;Hickerson MJ;Frantz LAF;Lohse K
我们介绍ABLE（近似BERNING似然估计），一种新的基于模拟的复合似然方法，它使用块式站点频谱来联合推断过去的人口统计和重组。ABLE被明确设计用于从非定相二倍体基因组到全基因组多位点数据（例如，RADSeq）的各种数据，并且还可以容纳任意大的样本。我们使用模拟来证明这种方法的准确性，以推断复杂的分歧和基因流的历史，并重新分析两种猩猩的全基因组数据。ABLE可在https://github.com/champost/ABLE下载。本文的在线版本（10.1186/s13059-018-1517-y）包含补充材料，可供授权用户使用。
We introduce ABLE (Approximate Blockwise Likelihood Estimation), a novel simulation-based composite likelihood method that uses the blockwise site frequency spectrum to jointly infer past demography and recombination. ABLE is explicitly designed for a wide variety of data from unphased diploid genomes to genome-wide multi-locus data (for example, RADSeq) and can also accommodate arbitrarily large samples. We use simulations to demonstrate the accuracy of this method to infer complex histories of divergence and gene flow and reanalyze whole genome data from two species of orangutan. ABLE is available for download at https://github.com/champost/ABLE. The online version of this article (10.1186/s13059-018-1517-y) contains supplementary material, which is available to authorized users.
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