Affinity capillary electrophoretic DNA separation using PEG-oligodeoxyribonucleotide block copolymers: relationship between peak resolution and affinity strength.
Affinity capillary electrophoretic DNA separation using PEG-oligodeoxyribonucleotide block copolymers: relationship between peak resolution and affinity strength.
复制标题
使用 PEG-寡脱氧核糖核苷酸嵌段共聚物进行亲和毛细管电泳 DNA 分离：峰值分辨率和亲和强度之间的关系。
DOI：
10.1002/jssc.200700521
复制
发表时间：
2008
影响因子：
3.1
通讯作者：
M. Maeda
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
N. Kanayama;T. Takarada;Ayumi Kimura;H. Shibata;M. Maeda
以PEG-寡脱氧核苷酸嵌段共聚物（PEG-b-ODN）为亲和配体，对化学合成的单链DNA和单碱基取代的单链DNA（分别为正常和突变的单链DNA）进行了毛细管电泳分离。当PEG-b-ODN的碱基序列被设计成与正常ssDNA的部分碱基互补时，正常ssDNA的电泳迁移率显著降低，而突变ssDNA的电泳迁移率略有变化。分离的分辨率强烈依赖于共聚物的ODN长度、毛细管温度和运行缓冲液中的Mg 2+浓度，表明与PEG-b-ODN的可逆杂交诱导正常ssDNA的迁移延迟。结果表明，正常ssDNA与亲和探针ODN之间的双链体的解离常数（K（d））应小于10（-6）M，以达到良好的峰分离。此外，我们使用双态模型计算了正常ssDNA和PEG-b-ODN之间的复合物的迁移率（μ（C））。将基于mu（C）和K（d）值预测适于实现足够分辨率的亲和探针ODN的碱基序列。
Capillary electrophoretic separation of chemically synthesized ssDNA and a single-base-substituted one (normal and mutant ssDNA, respectively) was demonstrated using a PEG-oligodeoxyribonucleotide block copolymer (PEG-b-ODN) as an affinity ligand. When the base sequence of PEG-b-ODN was designed to be complementary to part of normal ssDNA including the base-substituted site, the electrophoretic mobility of normal ssDNA significantly decreased whereas that of mutant ssDNA slightly changed. Resolution of the separation strongly depended on the ODN length of the copolymer, the capillary temperature, and the Mg2+ concentration in the running buffer, indicating that the retardation of migration of normal ssDNA was induced by the reversible hybridization with PEG-b-ODN. It was found that the dissociation constant (K(d)) of the duplex between normal ssDNA and the affinity probe ODN should be smaller than 10(-6) M to achieve the good peak separation. In addition, we calculated the mobility of the complex (mu(C)) between normal ssDNA and PEG-b-ODN using a two-state model. The base sequence of affinity probe ODN appropriate to achieve the sufficient resolution will be predicted on the basis of the mu(C) and K(d )values.
登录
查看更多内容
DNA亲和毛细管电泳检测单核苷酸多态性和点突变：弱亲和力优化的综合研究
DOI：
--
发表时间：
2006
期刊：
Journal of Chromatography A 1111
影响因子：
--
作者：
S.Ichioka;et al.;Michikami D et al.;Kae Sato
通讯作者：
Kae Sato
使用寡脱氧核糖核苷酸-聚丙烯酰胺缀合物作为假固定化亲和配体对单核苷酸多态性进行毛细管电泳鉴别
DOI：
--
发表时间：
2005
期刊：
Analytical Sciences 21(1)
影响因子：
--
作者：
K.MISHIMA;T.TAKARADA;M.MAEDA
通讯作者：
M.MAEDA
Y.Baba：“通过毛细管电泳分析致病基因和基于 DNA 的药物：走向人类疾病的 DNA 诊断和基因治疗”J.Chromatogr.B。
DOI：
--
发表时间：
--
期刊：
影响因子：
--
作者：
通讯作者：
--
使用 DNA-聚丙烯酰胺缀合物通过亲和毛细管电泳检测单碱基突变
DOI：
--
发表时间：
2005
期刊：
Electrophoresis 26
影响因子：
--
作者：
Nishida;K.;Kae Sato
通讯作者：
Kae Sato