Genomic copy number alterations in clear cell renal carcinoma: associations with case characteristics and mechanisms of VHL gene inactivation.
Genomic copy number alterations in clear cell renal carcinoma: associations with case characteristics and mechanisms of VHL gene inactivation.
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透明细胞肾癌中的基因组拷贝数改变：与VHL基因失活的病例特征和机制的关联。
DOI：
10.1038/oncsis.2012.14
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发表时间：
2012-06-25
期刊：
影响因子：
6.2
通讯作者：
Waldman, F. M.
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Moore, L. E.;Jaeger, E.;Nickerson, M. L.;Brennan, P.;De Vries, S.;Roy, R.;Toro, J.;Li, H.;Karami, S.;Lenz, P.;Zaridze, D.;Janout, V.;Bencko, V.;Navratilova, M.;Szeszenia-Dabrowska, N.;Mates, D.;Linehan, W. M.;Merino, M.;Simko, J.;Pfeiffer, R.;Boffetta, P.;Hewitt, S.;Rothman, N.;Chow, W-H;Waldman, F. M.
使用阵列比较基因组杂交来鉴定透明细胞肾细胞癌（ccRCC）患者肿瘤中的拷贝数改变，以鉴定与患者/临床特征的关联。在763例ccRCC患者中，412例（54%）提供了冷冻活检。分析克隆的显著拷贝数差异，调整多变量分析中的多重比较和协变量。频繁的改动包括以下方面的损失：3p（92.2%），14岁q（46.8%），8个p（38.1%），4q（35.4%），9个p（32.3%），9岁（31.8%），6岁（30.8%），3q（29.4%）、10 q（25.7%）、13 q（24.5%）、1 p（23.5%）和5 q（60.2%）、7 q（39.6%）、7 p（30.6%）、5 p（26.5%）、20 q（25.5%）、12 q（24.8%）、12 p（22.8%）上的增益。1 p、9 p、9 q、13 q和14 q丢失以及12 q增加与分期和分级相关。男性比女性有更多的变化，独立的阶段和年级。改变的数量/类型的显着差异被观察到的家族癌症史，诊断时的年龄和吸烟状况。Von Hippel-Lindau（VHL）基因失活与3 p丢失相关（P<E-05），且这些病例的改变比野生型病例少。与野生型和序列改变的VHL高甲基化病例相比，FHIT基因位点（3p14.2）两侧的脆性位点代表了VHL高甲基化病例中的一个独特断点。这是第一个研究其规模，以调查广泛的患者，临床/风险因素信息的情况下，拷贝数的变化。以VHL野生型基因状态（相对于序列改变）和男性（相对于女性）病例为特征的患者，无论诊断阶段和级别如何，都有更多的拷贝数改变，这可能与不良预后有关。
Array comparative genomic hybridization was used to identify copy number alterations in clear cell renal cell carcinoma (ccRCC) patient tumors to identify associations with patient/clinical characteristics. Of 763 ccRCC patients, 412 (54%) provided frozen biopsies. Clones were analyzed for significant copy number differences, adjusting for multiple comparisons and covariates in multivariate analyses. Frequent alterations included losses on: 3p (92.2%), 14q (46.8%), 8p (38.1%), 4q (35.4%), 9p (32.3%), 9q (31.8%), 6q (30.8%), 3q (29.4%), 10q (25.7%), 13q (24.5%), 1p (23.5%) and gains on 5q (60.2%), 7q (39.6%), 7p (30.6%), 5p (26.5%), 20q (25.5%), 12q (24.8%), 12p (22.8%). Stage and grade were associated with 1p, 9p, 9q, 13q and 14q loss and 12q gain. Males had more alterations compared with females, independent of stage and grade. Significant differences in the number/types of alterations were observed by family cancer history, age at diagnosis and smoking status. Von Hippel–Lindau (VHL) gene inactivation was associated with 3p loss (P<E-05), and these cases had fewer alterations than wild-type cases. The fragile site flanking the FHIT locus (3p14.2) represented a unique breakpoint among VHL hypermethylated cases, compared with wild-type cases and those with sequence changes. This is the first study of its size to investigate copy number alterations among cases with extensive patient, clinical/risk factor information. Patients characterized by VHL wild-type gene status (vs sequence alterations) and male (vs female) cases had more copy number alterations regardless of diagnostic stage and grade, which could relate to poor prognosis.
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