Modelling three-dimensional protein structures for applications in drug design.
Modelling three-dimensional protein structures for applications in drug design.
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建模三维蛋白质结构以应用于药物设计。
DOI：
10.1016/j.drudis.2013.10.027
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发表时间：
2014-07
影响因子：
7.4
通讯作者：
Schwede, Torsten
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Schmidt, Tobias;Bergner, Andreas;Schwede, Torsten
药物靶标和抗靶标蛋白的结构视角，以及它们与生物活性分子的分子相互作用，极大地推进了药物发现的许多领域，包括靶标验证、命中和先导化合物发现以及先导化合物优化。在缺乏实验 3D 结构的情况下，蛋白质结构预测通常提供合适的替代方案来促进基于结构的研究。这篇综述概述了同源建模的最新方法进展，重点关注那些需要考虑配体结合的技术。在这种情况下，模型质量估计值得特别关注，因为不同结构预测技术的准确性和可靠性差异很大，而模型的质量最终决定了其对于基于结构的药物发现的有用性。选择G蛋白偶联受体和ADMET相关蛋白的例子来说明蛋白质结构预测的最新进展和当前的局限性。还提供了良好建模实践的基本准则。
A structural perspective of drug target and anti-target proteins, and their molecular interactions with biologically active molecules, largely advances many areas of drug discovery, including target validation, hit and lead finding and lead optimisation. In the absence of experimental 3D structures, protein structure prediction often offers a suitable alternative to facilitate structure-based studies. This review outlines recent methodical advances in homology modelling, with a focus on those techniques that necessitate consideration of ligand binding. In this context, model quality estimation deserves special attention because the accuracy and reliability of different structure prediction techniques vary considerably, and the quality of a model ultimately determines its usefulness for structure-based drug discovery. Examples of G-protein-coupled receptors and ADMET-related proteins were selected to illustrate recent progress and current limitations of protein structure prediction. Basic guidelines for good modelling practice are also provided.
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影响因子：
7.3
作者：
Cozzini P;Kellogg GE;Spyrakis F;Abraham DJ;Costantino G;Emerson A;Fanelli F;Gohlke H;Kuhn LA;Morris GM;Orozco M;Pertinhez TA;Rizzi M;Sotriffer CA
通讯作者：
Sotriffer CA
DOI：
10.1107/s0907444913007051
发表时间：
2013-05
期刊：
Acta crystallographica. Section D, Biological crystallography
影响因子：
--
作者：
Biasini M;Schmidt T;Bienert S;Mariani V;Studer G;Haas J;Johner N;Schenk AD;Philippsen A;Schwede T
通讯作者：
Schwede T
DOI：
10.1126/science.1168750
发表时间：
2009-03-27
期刊：
Science (New York, N.Y.)
影响因子：
--
作者：
Aller SG;Yu J;Ward A;Weng Y;Chittaboina S;Zhuo R;Harrell PM;Trinh YT;Zhang Q;Urbatsch IL;Chang G
通讯作者：
Chang G
DOI：
10.1093/bioinformatics/btq662
发表时间：
2011-02-01
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
Benkert P;Biasini M;Schwede T
通讯作者：
Schwede T
影响因子：
4.8
作者：
Abrol, Ravinder;Kim, Soo-Kyung;Goddard, William A., III
通讯作者：
Goddard, William A., III