What's in a 'nym'? Synonyms in Biomedical Ontology Matching
What's in a 'nym'? Synonyms in Biomedical Ontology Matching
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“nym”里有什么？
DOI：
10.1007/978-3-642-41335-3_33
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发表时间：
2013
影响因子：
--
通讯作者：
Francisco M. Couto
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Catia Pesquita;Daniel Faria;Cosmin Stroe;Emanuel Santos;I. Cruz;Francisco M. Couto
为了使生命科学领域更接近语义Web的实现，在生物医学本体之间建立有意义的关系是至关重要的。本体匹配技术的成功应用与生物医学本体中包含的复杂多样的生物医学术语的有效探索密切相关。在本文中，我们提出了一个概述的词汇组件的几个生物医学本体，并探讨如何使用不同的方法可以影响本体匹配技术的性能。我们提出了新的方法，探索不同类型的本体编码的同义词，并扩展它们的基础上内部同义词推导和外部本体。
我们评估我们的方法，使用emphasementMaker，一个成功的本体匹配平台，实现了几个词汇匹配，并将它们应用到一组四个基准生物医学本体匹配任务。我们的研究结果表明，充分考虑本体同义词可以对匹配性能的影响，并验证我们的新方法相结合的内部和外部同义词源作为一个有竞争力的，在许多情况下，改进的解决方案，生物医学本体匹配。
To bring the Life Sciences domain closer to a Semantic Web realization it is fundamental to establish meaningful relations between biomedical ontologies. The successful application of ontology matching techniques is strongly tied to an effective exploration of the complex and diverse biomedical terminology contained in biomedical ontologies. In this paper, we present an overview of the lexical components of several biomedical ontologies and investigate how different approaches for their use can impact the performance of ontology matching techniques. We propose novel approaches for exploring the different types of synonyms encoded by the ontologies and for extending them based both on internal synonym derivation and on external ontologies.
We evaluate our approaches using AgreementMaker, a successful ontology matching platform that implements several lexical matchers, and apply them to a set of four benchmark biomedical ontology matching tasks. Our results demonstrate the impact that an adequate consideration of ontology synonyms can have on matching performance, and validate our novel approach for combining internal and external synonym sources as a competitive and in many cases improved solution for biomedical ontology matching.
为生物医学本体创建映射：简单的方法有效。
DOI：
--
发表时间：
2009
期刊：
AMIA ... Annual Symposium proceedings. AMIA Symposium
影响因子：
--
作者：
Ghazvinian,Amir;Noy,NatalyaF;Musen,MarkA
通讯作者：
Musen,MarkA
DOI：
10.1093/bioinformatics/btq188
发表时间：
2010-06-15
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
Wächter T;Schroeder M
通讯作者：
Schroeder M