PONGO: a web server for multiple predictions of all-alpha transmembrane proteins.
PONGO: a web server for multiple predictions of all-alpha transmembrane proteins.
复制标题
Pongo：用于全α跨膜蛋白的多个预测的Web服务器。
DOI：
10.1093/nar/gkl208
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发表时间：
2006-07-01
影响因子：
14.9
通讯作者：
Casadio, Rita
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Amico, Mauro;Finelli, Michele;Rossi, Ivan;Zauli, Andrea;Elofsson, Arne;Viklund, Hakan;von Heijne, Gunnar;Jones, David;Krogh, Anders;Fariselli, Piero;Martelli, Pier Luigi;Casadio, Rita
BIOSAPIENS 欧洲卓越网络的注释工作已经生成了多个分布式注释系统 (DAS)，其目的是整合生物信息学资源并注释后生动物基因组 ()。在此背景下，PONGO DAS 服务器 () 不仅通过 DAS 查询，还直接使用简单的 Web 界面，为人类基因组中的全 α 膜蛋白提供预测注释。为了对手头的序列进行更全面的分析，该注释是使用四个选定的高分预测因子进行的：TMHMM2.0、MEMSAT、PRODIV 和 ENSEMBLE1.0。可以搜索存储的和预先计算的人类蛋白质预测并以图形视图显示。然而，网络服务允许预测任何类型的假定膜蛋白的拓扑结构，无论生物体如何，更重要的是，在需要时对给定序列具有相同的序列概况。在这里，我们提出了一个新的网络服务器，它将最先进的拓扑预测器合并在一个框架中，以便假定的用户可以针对给定序列同时交互式地比较和评估四个预测。除了预测的拓扑结构之外，服务器还显示使用 SPEP 确定的信号肽预测。 PONGO Web 服务器位于 。
The annotation efforts of the BIOSAPIENS European Network of Excellence have generated several distributed annotation systems (DAS) with the aim of integrating Bioinformatics resources and annotating metazoan genomes (). In this context, the PONGO DAS server () provides the annotation on predictive basis for the all-alpha membrane proteins in the human genome, not only through DAS queries, but also directly using a simple web interface. In order to produce a more comprehensive analysis of the sequence at hand, this annotation is carried out with four selected and high scoring predictors: TMHMM2.0, MEMSAT, PRODIV and ENSEMBLE1.0. The stored and pre-computed predictions for the human proteins can be searched and displayed in a graphical view. However the web service allows the prediction of the topology of any kind of putative membrane proteins, regardless of the organism and more importantly with the same sequence profile for a given sequence when required. Here we present a new web server that incorporates the state-of-the-art topology predictors in a single framework, so that putative users can interactively compare and evaluate four predictions simultaneously for a given sequence. Together with the predicted topology, the server also displays a signal peptide prediction determined with SPEP. The PONGO web server is available at .
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