pmparser and PMDB: resources for large-scale, open studies of the biomedical literature.
pmparser and PMDB: resources for large-scale, open studies of the biomedical literature.
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pmparser和PMDB：生物医学文献的大规模开放研究资源。
作者：
Schoenbachler JL;Hughey JJ
PubMed是生物医学界的宝贵资源。虽然PubMed是免费提供的，但现有的API不是为大规模分析而设计的，底层数据的XML结构不便于进行复杂的查询。我们开发了一个名为pmparser的R包，将PubMed中的数据转换为关系数据库。我们的数据库实现称为PMDB，目前包含超过3100万个PubMed标识符（PMID）的数据，并定期更新。pmparser和PMDB一起可以对生物医学文献进行大规模、可重复和透明的分析。pmparser是在GPL-2下授权的，可以在。PMDB在PostgreSQL（）和Google BigQuery（）中都可用。
PubMed is an invaluable resource for the biomedical community. Although PubMed is freely available, the existing API is not designed for large-scale analyses and the XML structure of the underlying data is inconvenient for complex queries. We developed an R package called pmparser to convert the data in PubMed to a relational database. Our implementation of the database, called PMDB, currently contains data on over 31 million PubMed Identifiers (PMIDs) and is updated regularly. Together, pmparser and PMDB can enable large-scale, reproducible, and transparent analyses of the biomedical literature. pmparser is licensed under GPL-2 and available at . PMDB is available in both PostgreSQL () and Google BigQuery ().
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影响因子：
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作者：
Hutchins, B. Ian;Davis, Matthew T.;Santangelo, George M.
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Kveler K;Starosvetsky E;Ziv-Kenet A;Kalugny Y;Gorelik Y;Shalev-Malul G;Aizenbud-Reshef N;Dubovik T;Briller M;Campbell J;Rieckmann JC;Asbeh N;Rimar D;Meissner F;Wiser J;Shen-Orr SS
通讯作者：
Shen-Orr SS