Absynte: a web tool to analyze the evolution of orthologous archaeal and bacterial gene clusters
Absynte: a web tool to analyze the evolution of orthologous archaeal and bacterial gene clusters
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DOI：
10.1093/bioinformatics/btr473
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发表时间：
2011-10-15
期刊：
影响因子：
5.8
通讯作者：
Oberto, Jacques
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Despalins, Arnaud;Marsit, Souhir;Oberto, Jacques
Absynte（古细菌和细菌同线性浏览器）是一项基于网络的服务，旨在显示完全测序的原核染色体中的局部同线性。基因组背景是根据用户提供的蛋白质序列和来自公开的古细菌和细菌基因组的所有（或一组）染色体，通过多中心星形聚类拓扑确定的。结果包含在动态网页中，其中一致的颜色编码允许快速视觉评估同线性内具有相似序列的基因的相对定位。可以使用本地或远程数据库以交互方式进一步查询组成同线性的每个基因。 Absynte 结果可以导出为 .CSV 或高分辨率.用于打印、存档、进一步编辑或出版目的的 PDF 格式。性能、实时计算、用户友好性和每日数据库更新构成了 Absynte 相对于类似 Web 服务的主要优势。
Absynte (Archaeal and Bacterial Synteny Explorer) is a web-based service designed to display local syntenies in completely sequenced prokaryotic chromosomes. The genomic contexts are determined with a multiple center star clustering topology on the basis of a user-provided protein sequence and all ( or a set of) chromosomes from the publicly available archaeal and bacterial genomes. The results consist in a dynamic web page where a consistent color-coding permits a rapid visual evaluation of the relative positioning of genes with similar sequences within the synteny. Each gene composing the synteny can be further queried interactively using either local or remote databases. Absynte results can be exported in. CSV or high-resolution,. PDF formats for printing, archival, further editing or publication purposes. Performance, realtime computation, user-friendliness and daily database updates constitute the principal advantages of Absynte over similar web services.