Capturing Crystal Shape Evolution from Molecular Simulations
Capturing Crystal Shape Evolution from Molecular Simulations
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从分子模拟中捕捉晶体形状的演变
DOI：
10.1021/acs.jcim.0c00944
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发表时间：
2020
影响因子：
5.6
通讯作者：
Briesen
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Briesen
提出了一种简单有效的跟踪小分子有机晶体形状演化的算法。它基于使用阿尔法形状三角剖分算法从分子坐标重建晶体表面，然后对具有与晶面相似法向矢量的相邻三角形进行DBSCAN聚类。除了晶胞参数之外，不需要其他信息，用户不仅可以自动检测现有的晶面和边缘，还可以自动检测新形成的晶面和边缘，这对于预测生长和溶解动力学非常有价值。阿司匹林和对乙酰氨基酚晶体的结果得到了证实。
A simple and efficient algorithm for tracking shape evolution of small-molecule organic crystals during molecular simulations is described. It is based on the reconstruction of a crystal surface from molecular coordinates using an alpha-shape triangulation algorithm followed by the DBSCAN clustering of neighboring triangles with similar normal vectors to crystal faces. No information except the unit cell parameters is needed beforehand, enabling the user to automatically detect not only existing but also new forming crystal faces and edges, which is valuable for prediction of growth and dissolution kinetics. The results are demonstrated for aspirin and paracetamol crystals.
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影响因子：
4.9
作者：
Greiner, Maximilian;Elts, Ekaterina;Briesen, Heiko
通讯作者：
Briesen, Heiko
影响因子：
1.8
作者：
Greiner, Maximilian;Elts, Ekaterina;Briesen, Heiko
通讯作者：
Briesen, Heiko
阿司匹林溶出的分子动力学模拟
影响因子：
6
作者：
A. Anand;G. Patey
通讯作者：
G. Patey
通过分子动力学模拟对溶液中的晶体生长进行建模：转变速率常数的方法。
DOI：
10.1063/1.3677371
发表时间：
2012
期刊：
The Journal of chemical physics
影响因子：
--
作者：
A. Reilly;H. Briesen
通讯作者：
H. Briesen
氯化钠溶解的分子动力学模拟。
影响因子：
3.3
作者：
G. Lanaro;G. Patey
通讯作者：
G. Patey