Heterogeneous ozone effects on the DNA methylome of bronchial cells observed in a crossover study.
Heterogeneous ozone effects on the DNA methylome of bronchial cells observed in a crossover study.
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DOI：
10.1038/s41598-020-72068-6
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发表时间：
2020-09-25
影响因子：
4.6
通讯作者：
Devlin RB
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Bind MC;Rubin DB;Cardenas A;Dhingra R;Ward-Caviness C;Liu Z;Mirowsky J;Schwartz JD;Diaz-Sanchez D;Devlin RB
我们使用随机交叉实验来估计臭氧（相对于清洁空气）暴露对目标支气管上皮细胞全基因组DNA甲基化的影响，使用17名志愿者，每个志愿者在两个不同的场合随机暴露于清洁空气或0.3 ppm臭氧中两小时。暴露24小时后，参与者接受支气管镜检查收集上皮细胞，使用Illumina 450 K平台测量其DNA甲基化。我们进行了全球和区域测试，检查臭氧与清洁空气对DNA甲基组的影响，并计算了一系列单变量测试的费雪精确p值。我们发现很少有证据表明臭氧对DNA甲基组的总体影响，但相对于清洁空气，臭氧暴露后PLSCR1、HCAR1和LINC00336 DNA甲基化发生了一些提示性的变化。我们观察到一些参与者对臭氧反应的异质性。
We used a randomized crossover experiment to estimate the effects of ozone (vs. clean air) exposure on genome-wide DNA methylation of target bronchial epithelial cells, using 17 volunteers, each randomly exposed on two separated occasions to clean air or 0.3-ppm ozone for two hours. Twenty-four hours after exposure, participants underwent bronchoscopy to collect epithelial cells whose DNA methylation was measured using the Illumina 450 K platform. We performed global and regional tests examining the ozone versus clean air effect on the DNA methylome and calculated Fisher-exact p-values for a series of univariate tests. We found little evidence of an overall effect of ozone on the DNA methylome but some suggestive changes in PLSCR1, HCAR1, and LINC00336 DNA methylation after ozone exposure relative to clean air. We observed some participant-to-participant heterogeneity in ozone responses.
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DOI：
10.1165/rcmb.2013-0515oc
发表时间：
2014-09-01
影响因子：
6.4
作者：
McCullough, Shaun D.;Duncan, Kelly E.;Devlin, Robert B.
通讯作者：
Devlin, Robert B.
从头开始鉴定人基因组中差异甲基化区域。
影响因子：
3.9
作者：
Peters TJ;Buckley MJ;Statham AL;Pidsley R;Samaras K;V Lord R;Clark SJ;Molloy PL
通讯作者：
Molloy PL
DOI：
10.1016/j.jaci.2011.09.037
发表时间：
2012-01
期刊：
The Journal of allergy and clinical immunology
影响因子：
--
作者：
Salam MT;Byun HM;Lurmann F;Breton CV;Wang X;Eckel SP;Gilliland FD
通讯作者：
Gilliland FD
影响因子：
3.7
作者：
Bind, Marie-Abele;Lepeule, Johanna;Schwartz, Joel
通讯作者：
Schwartz, Joel
beta混合分位数归一化方法，用于校正Illumina Infinium 450 K DNA甲基化数据中的探针设计偏差。
DOI：
10.1093/bioinformatics/bts680
发表时间：
2013-01-15
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
Teschendorff AE;Marabita F;Lechner M;Bartlett T;Tegner J;Gomez-Cabrero D;Beck S
通讯作者：
Beck S