Novel ligands for a purine riboswitch discovered by RNA-ligand docking.
Novel ligands for a purine riboswitch discovered by RNA-ligand docking.
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RNA配体对接发现的嘌呤核糖开关的新颖配体。
DOI：
10.1016/j.chembiol.2010.12.020
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发表时间：
2011-03-25
影响因子：
--
通讯作者：
Brenk R
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Daldrop P;Reyes FE;Robinson DA;Hammond CM;Lilley DM;Batey RT;Brenk R
RNA 晶体结构数量的增加使得基于结构的方法能够发现新的 RNA 结合配体。为了开发RNA-配体对接的探索不足的领域，我们对嘌呤核糖开关进行了虚拟筛选练习，以探讨RNA-配体对接的优点和缺点。使用仅进行少量修改的标准蛋白质配体对接程序，鉴定出四种具有微摩尔范围内的结合亲和力的新配体，其中包括两种基于与已知配体不相似的分子支架的化合物。 RNA-配体对接的表现与蛋白质-配体对接相当，表明这种方法是探索丰富的 RNA 结构以进行基于结构的配体设计的有前途的选择。 ► 使用RNA配体对接，发现了嘌呤核糖开关的四种新配体 ► 其中两种配体基于未知与该核糖开关结合的支架 ► 确定了晶体结构，确认了新配体的结合模式 ► 分子对接是基于RNA结构的配体设计的一种有前途的方法
The increasing number of RNA crystal structures enables a structure-based approach to the discovery of new RNA-binding ligands. To develop the poorly explored area of RNA-ligand docking, we have conducted a virtual screening exercise for a purine riboswitch to probe the strengths and weaknesses of RNA-ligand docking. Using a standard protein-ligand docking program with only minor modifications, four new ligands with binding affinities in the micromolar range were identified, including two compounds based on molecular scaffolds not resembling known ligands. RNA-ligand docking performed comparably to protein-ligand docking indicating that this approach is a promising option to explore the wealth of RNA structures for structure-based ligand design. ► Using RNA-ligand docking, four new ligands were discovered for a purine riboswitch ► Two of the ligands were based on scaffolds not known to bind to this riboswitch ► Crystal structures were determined that confirm the binding modes of new ligands ► Molecular docking is a promising method for RNA-structure-based ligand design
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DOI：
10.1107/s0907444904019158
发表时间：
2004-12-01
影响因子：
2.2
作者：
Emsley, P;Cowtan, K
通讯作者：
Cowtan, K
影响因子：
5.8
作者：
Franceschi, F;Duffy, EM
通讯作者：
Duffy, EM
影响因子：
5.6
作者：
Englebienne, Pablo;Moitessier, Nicolas
通讯作者：
Moitessier, Nicolas
影响因子：
3.5
作者：
GERBER, PR;MULLER, K
通讯作者：
MULLER, K
影响因子：
64.8
作者：
Batey, RT;Gilbert, SD;Montange, RK
通讯作者：
Montange, RK