Modeling Microbial Growth Curves with GCAT
Modeling Microbial Growth Curves with GCAT
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DOI：
10.1007/s12155-015-9584-3
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发表时间：
2015-09-01
影响因子：
3.6
通讯作者：
Sato, Trey K.
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Bukhman, Yury V.;DiPiazza, Nathan W.;Sato, Trey K.
在这项工作中，我们介绍了生长曲线分析工具（GCAT）。GCAT设计用于高效分析从微滴板培养物中收集的高通量微生物生长曲线数据。GCAT可以通过web浏览器访问，使其易于使用并且独立于操作系统。GCAT实现了全局s型曲线模型和局部回归（黄土）模型的拟合。我们使用实验数据来评估这些方法的相对优点。此外，GCAT实现了启发式方法来处理生物能源研究中常见的生长曲线数据的一些特性。GCAT服务器可在http://gcat-pub.glbrc.org上公开获得。源代码可从http://code.google.com/p/gcat-hts/获得。
In this work, we introduce the Growth Curve Analysis Tool (GCAT). GCAT is designed to enable efficient analysis of high-throughput microbial growth curve data collected from cultures grown in microtiter plates. GCAT is accessible through a web browser, making it easy to use and operating system independent. GCAT implements fitting of global sigmoid curve models and local regression (LOESS) model. We assess the relative merits of these approaches using experimental data. Additionally, GCAT implements heuristics to deal with some peculiarities of growth curve data commonly encountered in bioenergy research. GCAT server is publicly available at http://gcat-pub.glbrc.org. The source code is available at http://code.google.com/p/gcat-hts/.