De novo derivation of proteomes from transcriptomes for transcript and protein identification.
De novo derivation of proteomes from transcriptomes for transcript and protein identification.
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DOI：
10.1038/nmeth.2227
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发表时间：
2012-12
期刊：
影响因子：
48
通讯作者：
Matthews, David A.
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Evans, Vanessa C.;Barker, Gary;Heesom, Kate J.;Fan, Jun;Bessant, Conrad;Matthews, David A.
用串联质谱仪鉴定蛋白质需要一个可能存在于样品中的蛋白质数据库。这适用于模式物种(例如人类)，但不适用于非模式物种。理想情况下，对于非模式物种，对表达的mRNA进行测序将生成一个蛋白质数据库，用于基于质谱学的鉴定，从而能够使用高通量测序和蛋白质鉴定技术检测基因和蛋白质。在这里，我们使用感染了人腺病毒的人细胞作为一个复杂的动态模型来证明这种方法是健壮的。我们的蛋白质组学由转录组学技术提供信息，使用依赖于全面的人类和腺病毒蛋白质列表的传统分析方法识别出3700多种不同的蛋白质中的99%。这有助于高通量获取非模式物种的转录本和蛋白质的直接证据。关键的是，我们表明这种方法也可以用来突出基因和蛋白质经历动态变化的转录后蛋白质稳定性。
Identification of proteins by tandem mass spectrometry requires a database of the proteins that could be in the sample. This is available for model species (e.g. humans) but not for non-model species. Ideally, for a non-model species the sequencing of expressed mRNA would generate a protein database for mass spectrometry based identification, allowing detection of genes and proteins using high throughput sequencing and protein identification technologies. Here we use human cells infected with human adenovirus as a complex and dynamic model to demonstrate this approach is robust. Our Proteomics Informed by Transcriptomics technique identifies >99% of over 3700 distinct proteins identified using traditional analysis reliant on comprehensive human and adenovirus protein lists. This facilitates high throughput acquisition of direct evidence for transcripts and proteins in non-model species. Critically, we show this approach can also be used to highlight genes and proteins undergoing dynamic changes in post transcriptional protein stability.
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影响因子：
46.9
作者：
Trapnell C;Williams BA;Pertea G;Mortazavi A;Kwan G;van Baren MJ;Salzberg SL;Wold BJ;Pachter L
通讯作者：
Pachter L
影响因子：
4.4
作者：
Cox, Juergen;Neuhauser, Nadin;Mann, Matthias
通讯作者：
Mann, Matthias
影响因子：
5.4
作者：
Evans, JD;Hearing, P
通讯作者：
Hearing, P
影响因子：
4.8
作者：
van den Hengel, Sanne K.;de Vrij, Jeroen;Hoeben, Rob C.
通讯作者：
Hoeben, Rob C.
DOI：
10.1126/science.1207018
发表时间：
2011-07-01
期刊：
Science (New York, N.Y.)
影响因子：
--
作者：
Li M;Wang IX;Li Y;Bruzel A;Richards AL;Toung JM;Cheung VG
通讯作者：
Cheung VG