Cryo-EM structure of the EBV ribonucleotide reductase BORF2 and mechanism of APOBEC3B inhibition.
Cryo-EM structure of the EBV ribonucleotide reductase BORF2 and mechanism of APOBEC3B inhibition.
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DOI：
10.1126/sciadv.abm2827
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发表时间：
2022-04-29
期刊：
影响因子：
13.6
通讯作者：
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
病毒使用大量的机制来逃避免疫反应。最近的一个例子是核DNA胞嘧啶脱氨酶APOBEC 3B被EB病毒（EBV）核糖核苷酸还原酶亚基BORF 2中和。APOBEC 3B-BORF 2复合物的Cryo-EM研究揭示了由来自每种蛋白质的多个结构元件组成的>1000- 1002的大结合表面，其有效地阻断了APOBEC 3B活性位点接近单链DNA底物。进化优化是由BORF 2中不存在于其他核糖核苷酸还原酶中的独特插入以及相对于高度相关的APOBEC 3A和APOBEC 3G酶优先结合APOBEC 3B而提出的。对这种病原体-宿主相互作用的分子理解有可能为开发阻断这种相互作用并释放APOBEC 3B天然抗病毒活性的药物提供信息。此外，鉴于APOBEC 3B在癌症诱变中的作用，来自相互作用的信息也可能用于开发DNA脱氨酶抑制剂。这些研究显示了保守的病毒DNA代谢蛋白如何被重新利用来抑制有效的抗病毒因子。
Viruses use a plethora of mechanisms to evade immune responses. A recent example is neutralization of the nuclear DNA cytosine deaminase APOBEC3B by the Epstein-Barr virus (EBV) ribonucleotide reductase subunit BORF2. Cryo-EM studies of APOBEC3B-BORF2 complexes reveal a large >1000-Å2 binding surface composed of multiple structural elements from each protein, which effectively blocks the APOBEC3B active site from accessing single-stranded DNA substrates. Evolutionary optimization is suggested by unique insertions in BORF2 absent from other ribonucleotide reductases and preferential binding to APOBEC3B relative to the highly related APOBEC3A and APOBEC3G enzymes. A molecular understanding of this pathogen-host interaction has potential to inform the development of drugs that block the interaction and liberate the natural antiviral activity of APOBEC3B. In addition, given a role for APOBEC3B in cancer mutagenesis, it may also be possible for information from the interaction to be used to develop DNA deaminase inhibitors. These studies show how a conserved viral DNA metabolism protein is repurposed to inhibit a potent antiviral factor.
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影响因子：
14.8
作者：
Kelley LA;Mezulis S;Yates CM;Wass MN;Sternberg MJ
通讯作者：
Sternberg MJ
影响因子：
64.8
作者：
Jumper J;Evans R;Pritzel A;Green T;Figurnov M;Ronneberger O;Tunyasuvunakool K;Bates R;Žídek A;Potapenko A;Bridgland A;Meyer C;Kohl SAA;Ballard AJ;Cowie A;Romera-Paredes B;Nikolov S;Jain R;Adler J;Back T;Petersen S;Reiman D;Clancy E;Zielinski M;Steinegger M;Pacholska M;Berghammer T;Bodenstein S;Silver D;Vinyals O;Senior AW;Kavukcuoglu K;Kohli P;Hassabis D
通讯作者：
Hassabis D
影响因子：
5.4
作者：
Koning, Fransje A.;Newman, Edmund N. C.;Malim, Michael H.
通讯作者：
Malim, Michael H.
影响因子：
16.6
作者：
Kouno T;Silvas TV;Hilbert BJ;Shandilya SMD;Bohn MF;Kelch BA;Royer WE;Somasundaran M;Kurt Yilmaz N;Matsuo H;Schiffer CA
通讯作者：
Schiffer CA
DOI：
10.1107/s2059798318006551
发表时间：
2018-06-01
期刊：
Acta crystallographica. Section D, Structural biology
影响因子：
--
作者：
Afonine PV;Poon BK;Read RJ;Sobolev OV;Terwilliger TC;Urzhumtsev A;Adams PD
通讯作者：
Adams PD