Optimization of encoded hydrogel particles for nucleic acid quantification.
Optimization of encoded hydrogel particles for nucleic acid quantification.
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DOI：
10.1021/ac9005292
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发表时间：
2009-06-15
影响因子：
7.4
通讯作者：
Doyle, Patrick S.
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Pregibon, Daniel C.;Doyle, Patrick S.
核酸的准确定量对于临床诊断、药物发现和基础科学研究都是至关重要的。这些应用要求同时测量多个目标，同时要求高通量分析、高灵敏度、密切相关目标之间的特异性和宽动态范围。为了创造一种能够同时满足这些需求的技术，我们最近开发了一种使用编码水凝胶颗粒进行多路分析的方法。在这里，我们展示了聚乙二醇半互穿网络对水凝胶孔隙率的调节；开发了一个定量模型来理解杂交动力学；并利用这些研究的结果来增强核酸检测的颗粒设计。通过优化的颗粒设计和高效的荧光标记方案，我们展示了对小RNA靶标的亚阿托摩尔敏感性和单核苷酸特异性。
The accurate quantification of nucleic acids is of utmost importance for clinical diagnostics, drug discovery, and basic science research. These applications require the concurrent measurement of multiple targets while demanding high-throughput analysis, high sensitivity, specificity between closely related targets, and a wide dynamic range. In attempt to create a technology that can simultaneously meet these demands, we recently developed a method of multiplexed analysis using encoded hydrogel particles. Here, we demonstrate tuning of hydrogel porosity with semi-interpenetrating networks of poly(ethylene glycol); develop a quantitative model to understand hybridization kinetics; and use the findings from these studies to enhance particle design for nucleic acid detection. With an optimized particle design and efficient fluorescent labeling scheme, we demonstrate sub-attomole sensitivity and single-nucleotide specificity for small RNA targets.
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