Natural product fragment combination to performance-diverse pseudo-natural products.
Natural product fragment combination to performance-diverse pseudo-natural products.
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DOI：
10.1038/s41467-021-22174-4
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发表时间：
2021-03-25
影响因子：
16.6
通讯作者：
Waldmann H
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Grigalunas M;Burhop A;Zinken S;Pahl A;Gally JM;Wild N;Mantel Y;Sievers S;Foley DJ;Scheel R;Strohmann C;Antonchick AP;Waldmann H
天然产物结构和基于片段的化合物开发通过将给定的天然产物片段设置为期望具有化学和生物多样性的化合物类别的不同组合，激发了伪天然产品的设计。我们描述了片段大小的天然产物奎宁、奎尼丁、青藤碱和灰黄霉素与含铬酮或吲哚的片段的合成组合，以提供244个成员的伪天然产物集合。化学信息学分析表明，所得到的8类伪天然产物具有化学多样性，并且具有药物和天然产物的类似性质。无偏倚的细胞绘画生物学评价表明，伪天然产物、引导天然产物和片段的生物活性不同，不同片段的组合主导了独特生物活性的建立。表型片段优势性的鉴定使设计具有正确预测生物活性的化合物类别成为可能。结果表明，不同组合和排列方式的天然产物片段融合可以提供化学和生物多样性的伪天然产物类别，为更广泛地探索与生物相关的化学空间提供了可能。天然产物通过化学和生物学上不同的化合物类片段的组合激发了伪天然产物的发展。在这里，作者报告了244个伪天然产物的文库，在细胞绘画论文中对它们进行了评估，并确定了单个片段的表型作用。
Natural product structure and fragment-based compound development inspire pseudo-natural product design through different combinations of a given natural product fragment set to compound classes expected to be chemically and biologically diverse. We describe the synthetic combination of the fragment-sized natural products quinine, quinidine, sinomenine, and griseofulvin with chromanone or indole-containing fragments to provide a 244-member pseudo-natural product collection. Cheminformatic analyses reveal that the resulting eight pseudo-natural product classes are chemically diverse and share both drug- and natural product-like properties. Unbiased biological evaluation by cell painting demonstrates that bioactivity of pseudo-natural products, guiding natural products, and fragments differ and that combination of different fragments dominates establishment of unique bioactivity. Identification of phenotypic fragment dominance enables design of compound classes with correctly predicted bioactivity. The results demonstrate that fusion of natural product fragments in different combinations and arrangements can provide chemically and biologically diverse pseudo-natural product classes for wider exploration of biologically relevant chemical space. Natural products inspire the development of pseudo-natural products through combinations of fragments of compound classes that are chemically and biologically distinct. Here, the authors report a library of 244 pseudo-natural products, evaluate them in the cell painting essays and identify the phenotypic role of individual fragments.
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生物医学的重要性。
DOI：
10.3390/molecules18066620
发表时间：
2013-06-06
期刊：
Molecules (Basel, Switzerland)
影响因子：
--
作者：
Kaushik NK;Kaushik N;Attri P;Kumar N;Kim CH;Verma AK;Choi EH
通讯作者：
Choi EH
影响因子：
21.8
作者：
通讯作者：
--
影响因子：
5.6
作者：
Ertl, Peter;Roggo, Silvio;Schuffenhauer, Ansgar
通讯作者：
Schuffenhauer, Ansgar
影响因子：
7.3
作者：
Koester, Helene;Craan, Tobias;Klebe, Gerhard
通讯作者：
Klebe, Gerhard
影响因子：
4.6
作者：
Daina A;Michielin O;Zoete V
通讯作者：
Zoete V