Molecular epidemiology of dengue in a setting of low reported endemicity: Kupang, East Nusa Tenggara province, Indonesia.
Molecular epidemiology of dengue in a setting of low reported endemicity: Kupang, East Nusa Tenggara province, Indonesia.
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低度报告流行地区登革热的分子流行病学：印度尼西亚东努沙登加拉省古邦。
DOI：
10.1093/trstmh/trab138
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发表时间：
2021
影响因子：
2.2
通讯作者：
Hayati RF
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Hayati RF
印度尼西亚大部分地区每年都有登革热流行。然而，东努沙登加拉省一直报告发病率较低。我们在该省首府古邦进行了登革热分子流行病学研究。MethodsDengue患者于2016年5月至2017年9月招募。使用NS 1和免疫球蛋白G（IgG）/IgM检测进行登革病毒（DENV）筛查。血清型确定使用逆转录聚合酶链反应和包膜基因进行测序，以推断遗传身份和embrygenity.ResultsFrom 119例，登革热确诊62（52%）。与官方数据相比，发现登革热发病率报告不足。大多数（36%）患者为<10岁的儿童。大多数患者（80%）出现轻度发热。所有血清型均检出，以DENV-3为主（57%）。古邦分离株DENV-1为基因型IV，为古老的地方毒株，DENV-2为世界性毒株，DENV-3为基因型I，DENV-4为基因型II。大多数菌株表现出相对较低的进化率和密切相关的菌株从巴厘岛和TimorLeste.ConclusionsThe低登革热发病率是最有可能造成持续的地方性流行病毒的本地流通。这项研究提供了登革热在低流行环境中的流行病学信息，有助于未来的缓解和疾病管理。
BackgroundMost regions in Indonesia experience annual dengue epidemics. However, the province of East Nusa Tenggara has consistently reported low incidence. We conducted a dengue molecular epidemiology study in Kupang, the capital of the province.MethodsDengue patients were recruited from May 2016 to September 2017. Dengue virus (DENV) screening was performed using NS1 and immunoglobulin G (IgG)/IgM detection. Serotype was determined using reverse transcription polymerase chain reaction and the envelope genes were sequenced to infer the genetic identity and phylogeny.ResultsFrom 119 patients, dengue was confirmed in 62 (52%). Compared with official data, underreporting of dengue incidence was observed. The majority (36%) of patients were children <10 y of age. Most patients (80%) experienced mild fever. All serotypes were detected, with DENV-3 as the predominant (57%). Kupang DENV-1 isolate was classified as genotype IV, an old and endemic strain, DENV-2 as cosmopolitan, DENV-3 as genotype I and DENV-4 as genotype II. Most isolates showed relatively low evolutionary rates and are closely related with strains from Bali and Timor Leste.ConclusionsThe low dengue incidence was most likely caused by sustained local circulation of endemic viruses. This study provides information on the epidemiology of dengue in a low-endemicity setting that should help future mitigation and disease management.
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DOI：
10.3390/v3091562
发表时间：
2011-09
期刊：
Viruses
影响因子：
--
作者：
Chen R;Vasilakis N
通讯作者：
Vasilakis N
在印度尼西亚对多重 PCR 和基于纳米孔的登革热病毒测序方法进行评估
DOI：
10.17863/cam.64681
发表时间：
2020
期刊：
--
影响因子：
--
作者：
Stubbs S
通讯作者：
Stubbs S
影响因子：
3.7
作者：
Twiddy, SS;Farrar, JJ;Holmes, EC
通讯作者：
Holmes, EC
DOI：
10.1016/j.meegid.2009.02.003
发表时间：
2009-07
期刊：
Infection, genetics and evolution : journal of molecular epidemiology and evolutionary genetics in infectious diseases
影响因子：
--
作者：
Weaver SC;Vasilakis N
通讯作者：
Vasilakis N
印度尼西亚出现登革出血热。
影响因子：
0.2
作者：
Sumarmo
通讯作者：
Sumarmo