Clinical drug response can be predicted using baseline gene expression levels and in vitro drug sensitivity in cell lines.
Clinical drug response can be predicted using baseline gene expression levels and in vitro drug sensitivity in cell lines.
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DOI：
10.1186/gb-2014-15-3-r47
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发表时间：
2014-03-03
期刊：
影响因子：
12.3
通讯作者：
Huang RS
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Geeleher P;Cox NJ;Huang RS
我们展示了一种仅使用治疗前基线肿瘤基因表达数据来预测患者化疗反应的方法。首先，我们在一大组细胞系中使用一种允许每个基因影响预测的方法，针对药物敏感性对全基因组基因表达进行建模。经过数据同质化和过滤后，将这些模型应用于原发性肿瘤活检的基线表达水平，从而产生体内药物敏感性预测。我们在三个独立的临床试验数据集中验证了这种方法，并获得了与直接从临床数据得出的基因特征同样好甚至更好的预测结果。
We demonstrate a method for the prediction of chemotherapeutic response in patients using only before-treatment baseline tumor gene expression data. First, we fitted models for whole-genome gene expression against drug sensitivity in a large panel of cell lines, using a method that allows every gene to influence the prediction. Following data homogenization and filtering, these models were applied to baseline expression levels from primary tumor biopsies, yielding an in vivo drug sensitivity prediction. We validated this approach in three independent clinical trial datasets, and obtained predictions equally good, or better than, gene signatures derived directly from clinical data.
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影响因子：
158.5
作者：
Lynch, TJ;Bell, DW;Haber, DA
通讯作者：
Haber, DA
影响因子：
2.1
作者：
Cule, Erika;De Iorio, Maria
通讯作者：
De Iorio, Maria
影响因子：
8.4
作者：
Eisenhauer, E. A.;Therasse, P.;Verweij, J.
通讯作者：
Verweij, J.
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作者：
Eberhard, DA;Johnson, BE;Hillan, KJ
通讯作者：
Hillan, KJ
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作者：
Garnett, Mathew J.;Edelman, Elena J.;Heidorn, Sonja J.;Greenman, Chris D.;Dastur, Anahita;Lau, King Wai;Greninger, Patricia;Thompson, I. Richard;Luo, Xi;Soares, Jorge;Liu, Qingsong;Iorio, Francesco;Surdez, Didier;Chen, Li;Milano, Randy J.;Bignell, Graham R.;Tam, Ah T.;Davies, Helen;Stevenson, Jesse A.;Barthorpe, Syd;Lutz, Stephen R.;Kogera, Fiona;Lawrence, Karl;McLaren-Douglas, Anne;Mitropoulos, Xeni;Mironenko, Tatiana;Thi, Helen;Richardson, Laura;Zhou, Wenjun;Jewitt, Frances;Zhang, Tinghu;O'Brien, Patrick;Boisvert, Jessica L.;Price, Stacey;Hur, Wooyoung;Yang, Wanjuan;Deng, Xianming;Butler, Adam;Choi, Hwan Geun;Chang, JaeWon;Baselga, Jose;Stamenkovic, Ivan;Engelman, Jeffrey A.;Sharma, Sreenath V.;Delattre, Olivier;Saez-Rodriguez, Julio;Gray, Nathanael S.;Settleman, Jeffrey;Futreal, P. Andrew;Haber, Daniel A.;Stratton, Michael R.;Ramaswamy, Sridhar;McDermott, Ultan;Benes, Cyril H.
通讯作者：
Benes, Cyril H.