Enhancements and modifications of primer design program Primer3
Enhancements and modifications of primer design program Primer3
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DOI：
10.1093/bioinformatics/btm091
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发表时间：
2007-05-15
期刊：
影响因子：
5.8
通讯作者：
Remm, Maido
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Koressaar, Triinu;Remm, Maido
退火温度的确定是PCR设计中的关键步骤。该参数通常来源于PCR引物的解链温度，因此对于成功的PCR工作，重要的是准确地确定引物的解链温度。我们介绍了广泛使用的引物设计程序Primer3的几个增强功能。改进的内容包括熔融温度计算公式和盐修正公式。此外，新版本可以考虑大多数PCR缓冲液中包含的四价阳离子的影响。另一种修饰使得能够使用引物掩蔽的模板序列进行引物设计。
The determination of annealing temperature is a critical step in PCR design. This parameter is typically derived from the melting temperature of the PCR primers, so for successful PCR work it is important to determine the melting temperature of primer accurately. We introduced several enhancements in the widely used primer design program Primer3. The improvements include a formula for calculating melting temperature and a salt correction formula. Also, the new version can take into account the effects of clivalent cations, which are included in most PCR buffers. Another modification enables using lowercase masked template sequences for primer design.