ActDES - a curated Actinobacterial Database for Evolutionary Studies.
ActDES - a curated Actinobacterial Database for Evolutionary Studies.
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DOI：
10.1099/mgen.0.000498
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发表时间：
2021-01
影响因子：
3.9
通讯作者：
Hoskisson PA
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Schniete JK;Selem-Mojica N;Birke AS;Cruz-Morales P;Hunter IS;Barona-Gomez F;Hoskisson PA
放线杆菌是一个大型和多样化的细菌门，包含医学和生态相关的生物。许多成员是生物活性天然产物和化学前体的宝贵来源，在临床上被开发，并利用其复杂基因组中编码的酶途径来制造。在过去的20年里，虽然测序基因组的数量迅速增加，但许多放线菌基因组的大小、复杂性和高G+C含量意味着序列仍然不完整，由大量注释不佳的重叠群组成，这阻碍了大规模的比较基因组和进化研究。为了能够更好地理解和利用放线菌基因组，专门的基因组数据库必须与高质量的基因组序列相联系。在这里，我们提供了一个精选的数据库，其中包括来自80个属的612个高质量的放线菌基因组，这些基因组被选择来代表一个广泛的系统发育类群，并进行等价的基因组重新注释。利用这个数据库将为研究人员提供进化和代谢研究的框架，为基因组和代谢工程奠定基础，促进新的生物活性疗法的发现和基因家族进化的研究。本文包含由MicroReaction托管的数据。
Actinobacteria is a large and diverse phylum of bacteria that contains medically and ecologically relevant organisms. Many members are valuable sources of bioactive natural products and chemical precursors that are exploited in the clinic and made using the enzyme pathways encoded in their complex genomes. Whilst the number of sequenced genomes has increased rapidly in the last 20 years, the large size, complexity and high G+C content of many actinobacterial genomes means that the sequences remain incomplete and consist of large numbers of contigs with poor annotation, which hinders large-scale comparative genomic and evolutionary studies. To enable greater understanding and exploitation of actinobacterial genomes, specialized genomic databases must be linked to high-quality genome sequences. Here, we provide a curated database of 612 high-quality actinobacterial genomes from 80 genera, chosen to represent a broad phylogenetic group with equivalent genome re-annotation. Utilizing this database will provide researchers with a framework for evolutionary and metabolic studies, to enable a foundation for genome and metabolic engineering, to facilitate discovery of novel bioactive therapeutics and studies on gene family evolution. This article contains data hosted by Microreact.
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作者：
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Fischbach, Michael A.
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Argimón S;Abudahab K;Goater RJE;Fedosejev A;Bhai J;Glasner C;Feil EJ;Holden MTG;Yeats CA;Grundmann H;Spratt BG;Aanensen DM
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Cruz-Morales P;Kopp JF;Martínez-Guerrero C;Yáñez-Guerra LA;Selem-Mojica N;Ramos-Aboites H;Feldmann J;Barona-Gómez F
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作者：
Doroghazi JR;Metcalf WW
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作者：
Schniete JK;Cruz-Morales P;Selem-Mojica N;Fernández-Martínez LT;Hunter IS;Barona-Gómez F;Hoskisson PA
通讯作者：
Hoskisson PA