Hierarchy of RNA functional dynamics.
Hierarchy of RNA functional dynamics.
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DOI：
10.1146/annurev-biochem-060713-035524
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发表时间：
2014
影响因子：
16.6
通讯作者：
Al-Hashimi HM
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Mustoe AM;Brooks CL;Al-Hashimi HM
RNA动力学在许多细胞功能中起着重要作用。然而，缺乏一个通用的框架来描述这些复杂的过程，这些过程通常包括在皮秒到秒的时间尺度上发生的许多结构动作。在这里，我们将RNA动力学分为不同的模式，代表了分层自由能景观上盆地之间的转换。这包括发生在>.1 s时间尺度下的大规模二级结构转变，发生在μs-ms时间尺度上的碱基对/三级动力学，发生在ns-μs时间尺度上的堆叠动力学以及发生在ps-ns时间尺度上的其他“抖动”运动。我们回顾了这三个不同层中的各种模式，它们用来调节功能的不同机制，以及它们如何耦合在一起以实现更大的功能复杂性。
RNA dynamics play a fundamental role in many cellular functions. However, a general framework is lacking to describe these complex processes, which typically consist of many structural maneuvers taking place over timescales ranging from picoseconds to seconds. Here we classify RNA dynamics into distinct modes representing transitions between basins on a hierarchical free energy landscape. These include large-scale secondary structural transitions occurring at >0.1 s timescales, base-pair/tertiary dynamics occurring at μs-ms timescales, stacking dynamics at ns-μs and other ‘jittering’ motions occurring at ps-ns timescales. We review various modes within these three different tiers, the different mechanisms by which they are used to regulate function, and how they can be coupled together to achieve greater functional complexity.
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影响因子：
6.8
作者：
Chen, Jin;Tsai, Albert;Puglisi, Joseph D.
通讯作者：
Puglisi, Joseph D.
影响因子：
7.2
作者：
Breaker, Ronald R.
通讯作者：
Breaker, Ronald R.
DOI：
10.1073/pnas.0813180106
发表时间：
2009-02-24
影响因子：
11.1
作者：
Cornish, Peter V.;Ermolenko, Dmitri N.;Ha, Taekjip
通讯作者：
Ha, Taekjip
影响因子：
2.9
作者：
Burkard, ME;Turner, DH
通讯作者：
Turner, DH
影响因子：
2.9
作者：
Casiano-Negroni, Anette;Sun, Xiaoyan;Al-Hashimi, Hashim M.
通讯作者：
Al-Hashimi, Hashim M.