From Phosphoproteome to Modeling of Plant Signaling Pathways.
From Phosphoproteome to Modeling of Plant Signaling Pathways.
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从磷酸化蛋白质组到植物信号通路建模
DOI：
10.1007/978-1-4939-3341-9_18
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发表时间：
2016
影响因子：
--
通讯作者：
Schulze WX
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Zakhartsev M;Pertl-Obermeyer H;Schulze WX
近年来，定量蛋白质组学实验在生物学的许多方面几乎成为常规。特别是肽和相应的磷酸化对应物从一个单一的实验的定量是非常重要的了解信号传导途径的动力学。我们开发了一种分析方法来定量磷酸肽（pP）与相应的非磷酸化亲本肽（P）的数量。我们使用混合模式固相萃取从胰蛋白酶消化物中纯化总肽，并将它们与大多数含磷化合物（例如，磷脂、核苷酸），这增强了TiO 2珠上的pP富集。用这种设计的方法得到的磷酸化蛋白质组学数据允许量化pP/P化学计量，并限定用于数学建模的实验数据。
Quantitative proteomic experiments in recent years became almost routine in many aspects of biology. Particularly the quantification of peptides and corresponding phosphorylated counterparts from a single experiment is highly important for understanding of dynamics of signaling pathways. We developed an analytical method to quantify phosphopeptides (pP) in relation to the quantity of the corresponding non-phosphorylated parent peptides (P). We used mixed-mode solid-phase extraction to purify total peptides from tryptic digest and separated them from most of the phosphorous-containing compounds (e.g., phospholipids, nucleotides) which enhances pP enrichment on TiO2beads. Phosphoproteomic data derived with this designed method allows quantifying pP/P stoichiometry, and qualifying experimental data for mathematical modeling.
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