Ubiquitous Nucleosome Unwrapping in the Yeast Genome
Ubiquitous Nucleosome Unwrapping in the Yeast Genome
复制标题
酵母基因组中普遍存在的核小体解包
DOI：
10.1016/j.bpj.2013.11.491
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发表时间：
2013
影响因子：
3.4
通讯作者：
A. Morozov
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Ruazvan V. Chereji;A. Morozov
一个人的身体含有足够的DNA，可以绕地球赤道250多万圈。一个长期存在的难题是理解允许细胞将其基因组组织成拥挤的细胞核中的染色质纤维的原理，以及保持许多蛋白质复合物可以访问DNA的原理。核小体，DNA的基本包装单位，允许这种百万倍的紧凑化。核小体覆盖了大约四分之三的DNA，它们的位置对基因调控至关重要。我们研究了预测核小体在基因组范围内组织的物理模型，以及决定这种组织的相关能量[1-3]。我们提出了一个严格的统计力学模型，它能够解释最近的实验观察，考虑到核小体解包裹，不同的DNA结合蛋白之间的竞争，组蛋白和DNA之间的相互作用，相邻的组蛋白之间。我们展示了我们的新模型的一系列预测，都与实验观察一致。
A human body contains enough DNA to circle the Earth's Equator for more than 2.5 million times. A long-standing puzzle is to understand the principles which allow cells to both organize their genomes into chromatin fibers in the crowded nuclei, and also to keep the DNA accessible to many protein complexes. Nucleosomes, the basic packaging units of the DNA, allow this millionfold compactification. With nucleosomes covering about three quarters of the DNA, their positions are essential for gene regulation.We study physical models which predict the genome-wide organization of the nucleosomes and also the relevant energies which dictate this organization [1-3]. We present a rigorous statistical mechanics model which is able to explain the recent experimental observations by taking into account nucleosome unwrapping, competition between different DNA-binding proteins, and both the interaction between histones and DNA, and between neighboring histones. We show a series of predictions of our new model, all in agreement with the experimental observations.
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影响因子：
5.6
作者：
Moyle-Heyrman G;Tims HS;Widom J
通讯作者：
Widom J
DNA 结合蛋白入侵核小体的动力学。
影响因子：
5.6
作者：
Tims,HannahS;Gurunathan,Kaushik;Levitus,Marcia;Widom,Jonathan
通讯作者：
Widom,Jonathan
影响因子：
5.6
作者：
Poirier, Michael G.;Bussiek, Malte;Widom, Jonathan
通讯作者：
Widom, Jonathan
影响因子：
7
作者：
Mavrich, Travis N.;Ioshikhes, Ilya P.;Pugh, B. Franklin
通讯作者：
Pugh, B. Franklin
染色质结构诱导的两体相互作用的核小体排序的统计力学。
DOI：
10.1103/physreve.83.050903
发表时间：
2011-05
期刊：
Physical review. E, Statistical, nonlinear, and soft matter physics
影响因子：
--
作者：
Chereji RV;Tolkunov D;Locke G;Morozov AV
通讯作者：
Morozov AV