Genetic variation and clonal diversity in introduced populations of Mimulus guttatus assessed by genotyping at 62 single nucleotide polymorphism loci
Genetic variation and clonal diversity in introduced populations of Mimulus guttatus assessed by genotyping at 62 single nucleotide polymorphism loci
复制标题
通过 62 个单核苷酸多态性位点的基因分型评估引进的酸浆菌群体的遗传变异和克隆多样性
DOI：
10.1080/17550874.2017.1287785
复制
发表时间：
2017
影响因子：
1.5
通讯作者：
Pantoja P
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Pantoja P
背景：单核苷酸多态性（snp）越来越多地被用于研究非本地种群。单核苷酸多态性在每个位点的基础上相对缺乏信息，但比其他标记（如微卫星）允许对更多的位点进行基因分型，并且在研究之间具有一致的等位基因调用的优势。目的：我们研究了一套新开发的SNP标记的实用性，适用于高通量基因分型，以描述英国兼性克隆herbMimulus guttatusin （UK）的非本地群体的基因型变异和群体结构。方法：我们分析了62个SNP标记，并使用高通量平台对来自北美原生范围的10个种群和英国14个种群的383个个体进行了基因分型。结果：我们在英国人群中发现了基因型多样性的广泛差异，表明生殖策略从大多数无性繁殖到大多数有性繁殖。平均而言，除了一个英国种群外，其他所有英国种群之间的亲缘关系都比与北美种群的亲缘关系更密切，而且特殊的英国种群与阿拉斯加本土植物表现出强烈的亲缘关系。结论：少量的snp可以检测本地种群和引进种群之间的克隆模式和大范围的关系。然而，在更精细的尺度上阐明种群结构将需要在更大的深度上对个体进行基因分型。
Background:Single nucleotide polymorphisms (SNPs) are increasingly being used to study non-native populations. SNPs are relatively information poor on a per locus basis, but allow genotyping more loci than others markers (e.g., microsatellites) and have the advantage of consistent allele calls between studies.Aims:We investigated the utility of a newly developed set of SNP markers, suitable for high throughput genotyping to characterise genotypic variation and population structure in non-native populations of the facultative clonal herbMimulus guttatusin the United Kingdom (UK).Methods:We analysed 62 SNP markers and using a high throughput platform genotyped 383 individuals from 10 populations from the native range in North America and 14 populations in the UK.Results:We found wide variation in genotypic diversity within UK populations, indicating reproductive strategies that vary from mostly clonal to mostly sexual. All but one UK population were, on average, more closely related to each other than to North American populations, and the exceptional UK population showed strong affinity to native Alaskan plants.Conclusions:A small number of SNPs can detect patterns of clonality and broad-scale relationships between native and introduced populations. However, elucidating population structure at a finer scale will require genotyping individuals at greater depth.
登录
查看更多内容
引入的酸浆草（Phrymacaceae）的杂交和遗传多样性
影响因子：
3.8
作者：
Mario Vallejo;G. Lye
通讯作者：
G. Lye
影响因子：
48
作者：
Langmead, Ben;Salzberg, Steven L.
通讯作者：
Salzberg, Steven L.
通过风和鹿传播沟酸浆的种子
影响因子：
0.6
作者：
R. K. Vickery;D. Phillips;Paul R. Wonsavage
通讯作者：
Paul R. Wonsavage
《新英国和爱尔兰植物图谱》：C.D. Preston、D.A. Pearman 和 T.D. Dines 出版，牛津大学出版社，2002 年。ISBN 0 19 851067 5（精装版，带 CD），售价 99.95 英镑。
DOI：
--
发表时间：
2003
期刊：
影响因子：
--
作者：
B. Meatyard
通讯作者：
B. Meatyard
影响因子：
3.3
作者：
L. Excoffier;P. Smouse;J. Quattro
通讯作者：
L. Excoffier;P. Smouse;J. Quattro