Fragment-based phase extension for three-dimensional structure determination of membrane proteins by electron crystallography.
Fragment-based phase extension for three-dimensional structure determination of membrane proteins by electron crystallography.
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DOI：
10.1016/j.str.2011.04.008
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发表时间：
2011-07-13
期刊：
影响因子：
5.7
通讯作者：
Gonen, Tamir
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Wisedchaisri, Goragot;Gonen, Tamir
在电子晶体学中，膜蛋白质结构是由蛋白质嵌入膜中的二维晶体确定的。一旦生长出大而有序的2D晶体，电子晶体学中的瓶颈之一是图像数据的收集，以直接提供高分辨率的实验阶段。在这里，我们描述了一种新的方法来绕过这个瓶颈，消除了对高分辨率成像的需要。我们利用电子晶体学的优势，从低分辨率图像中快速获得准确的实验相位信息，并从电子衍射中获得准确的高分辨率振幅信息。低分辨率实验相位用于放置α-螺旋片段，并使用片段相位扩展到高分辨率。通过对高分辨率衍射数据进行密度修改，然后进行片段扩展和结构细化，进一步改善了相位。使用这种方法，三种膜蛋白的结构被快速，准确地确定到原子分辨率没有高分辨率的图像数据。
In electron crystallography membrane protein structure is determined from two-dimensional crystals where the protein is embedded in a membrane. Once large and well-ordered 2D crystals are grown one of the bottlenecks in electron crystallography is the collection of image data to directly provide experimental phases to high resolution. Here we describe a new approach to bypass this bottleneck, eliminating the need for high-resolution imaging. We use the strengths of electron crystallography in rapidly obtaining accurate experimental phase information from low-resolution images and accurate high-resolution amplitude information from electron diffraction. The low-resolution experimental phases were used for the placement of α-helix fragments and extended to high resolution using phases from the fragments. Phases were further improved by density modifications followed by fragment expansion and structure refinement against the high-resolution diffraction data. Using this approach, structures of three membrane proteins were determined rapidly and accurately to atomic resolution without high-resolution image data.
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影响因子：
64.8
作者：
Gonen, T;Sliz, P;Walz, T
通讯作者：
Walz, T
DOI：
10.1073/pnas.080064697
发表时间：
2000-04-25
影响因子：
11.1
作者：
Kunji, ERS;von Gronau, S;Henderson, R
通讯作者：
Henderson, R
影响因子：
64.8
作者：
LIDDINGTON, RC;YAN, Y;HARRISON, SC
通讯作者：
HARRISON, SC
DOI：
10.1107/s0907444904019158
发表时间：
2004-12-01
影响因子：
2.2
作者：
Emsley, P;Cowtan, K
通讯作者：
Cowtan, K
影响因子：
64.8
作者：
Kimura, Y;Vassylyev, DG;Fujiyoshi, Y
通讯作者：
Fujiyoshi, Y