Using geneid to identify genes.
Using geneid to identify genes.
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DOI：
10.1002/0471250953.bi0403s18
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发表时间：
2007-06-01
影响因子：
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通讯作者：
Guigo, Roderic
中科院分区：
文献类型：
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作者：
Blanco, Enrique;Parra, Genis;Guigo, Roderic
本单元介绍了geneid的使用方法，它是一种高效的基因查找程序，可用于分析大型基因组序列，包括整个哺乳动物染色体。这些序列可以有部分注释，而geneid可用于完善这种初始注释。对geneid进行训练相对容易，并且存在针对许多真核生物物种的参数配置。geneid能以多种标准格式生成输出结果。因此，这些结果可由多种软件工具进行处理，包括可视化程序。geneid软件属于公共领域，并且正在不断开发中。它易于安装和使用。详尽的基准评估表明，geneid与其他现有的基因查找工具相比具有优势。
This unit describes the usage of geneid, an efficient gene-finding program that allows for the analysis of large genomic sequences, including whole mammalian chromosomes. These sequences can be partially annotated, and geneid can be used to refine this initial annotation. Training geneid is relatively easy, and parameter configurations exist for a number of eukaryotic species. Geneid produces output in a variety of standard formats. The results, thus, can be processed by a variety of software tools, including visualization programs. Geneid software is in the public domain, and it is undergoing constant development. It is easy to install and use. Exhaustive benchmark evaluations show that geneid compares favorably with other existing gene finding tools.