Single-molecule RNA Fluorescence in situ Hybridization (smFISH) in Caenorhabditis elegans
Single-molecule RNA Fluorescence in situ Hybridization (smFISH) in Caenorhabditis elegans
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DOI：
10.21769/bioprotoc.2357
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发表时间：
2017-06-20
期刊：
影响因子：
0.8
通讯作者：
Kimble, Judith
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Lee, ChangHwan;Seidel, Hannah S.;Kimble, Judith
单分子RNA荧光原位杂交（smFISH）是一种使用对靶RNA特异性的多个荧光标记的寡核苷酸探针使单个RNA分子可视化的技术（Raj等人，2008; Lee等人，2016年a）。我们采用这种技术来可视化C. elegans整条成虫或其种系，这使得能够同时记录活性转录位点处的新生转录物和细胞质中的成熟mRNA（Lee等人，2013年和2016年b）。在这里，我们描述了smFISH程序的每一步，试剂和显微镜设置优化C。秀丽线虫的生殖腺突出。
Single-molecule RNA fluorescence in situ hybridization (smFISH) is a technique to visualize individual RNA molecules using multiple fluorescently-labeled oligonucleotide probes specific to the target RNA (Raj et al., 2008; Lee et al., 2016a). We adapted this technique to visualize RNAs in the C. elegans whole adult worm or its germline, which enabled simultaneous recording of nascent transcripts at active transcription sites and mature mRNAs in the cytoplasm (Lee et al., 2013 and 2016b). Here we describe each step of the smFISH procedure, reagents, and microscope settings optimized for C. elegans extruded gonads.