Density functional theory study of β-hairpins in antiparallel β-sheets, a new classification based upon H-bond topology.
Density functional theory study of β-hairpins in antiparallel β-sheets, a new classification based upon H-bond topology.
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DOI：
10.1021/bi3006785
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发表时间：
2012-07-10
期刊：
影响因子：
2.9
通讯作者：
Dannenberg JJ
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Roy D;Pohl G;Ali-Torres J;Marianski M;Dannenberg JJ
我们基于氢键形成的拓扑结构，提出了一种针对反平行 β 折叠的 β 转角的新分类。该分类是 ONIOM 计算的结果，分别使用 B3LYP/D95** DFT 和 AM1 半经验计算作为高水平和低水平。我们选择乙酰基(Ala)6NH2作为模型系统，因为它是最简单的全丙氨酸系统，可以形成片材中β-转角所需的所有氢键。在我们发现的十种不同构象中，最稳定的结构具有 C7 环状氢键，而不是经典定义中指定的 C10 相互作用。此外，当使用我们的技术优化结构时，经典定义中为第 i+1 个和第 i+2 个残基指定的手性消失，因为每个结构的四个非对映异构体之间的能量差异对于十个构象中的八个来说并不显着。
We present a new classification of β-turns specific to antiparallel β-sheets based upon the topology of H-bond formation. This classification results from ONIOM calculations using B3LYP/D95** DFT and AM1 semiempirical calculations as the high and low levels respectively. We chose acetyl(Ala)6NH2 as a model system as it is the simplest all alanine system that can form all the H-bonds required for a β-turn in a sheet. Of the ten different conformation we have found, the most stable structures have C7 cyclic H-bonds in place of the C10 interactions specified in the classic definition. Also, the chiralities specified for the i+1st and i+2nd residues in the classic definition disappear when the structures are optimized using our techniques, as the energetic differences between the four diastereomers of each structure are not substantial for eight of the ten conformations.
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影响因子：
2.9
作者：
Viswanathan, R;Asensio, A;Dannenberg, JJ
通讯作者：
Dannenberg, JJ
影响因子：
4.4
作者：
Vreven, T;Morokuma, K
通讯作者：
Morokuma, K
DOI：
10.1073/pnas.68.9.2293
发表时间：
1971-01-01
影响因子：
11.1
作者：
LEWIS, PN;MOMANY, FA;SCHERAGA, HA
通讯作者：
SCHERAGA, HA
影响因子：
2.9
作者：
Simon, S;Duran, M;Dannenberg, JJ
通讯作者：
Dannenberg, JJ
影响因子：
4.4
作者：
BECKE, AD
通讯作者：
BECKE, AD