PAL2NAL: robust conversion of protein sequence alignments into the corresponding codon alignments.
PAL2NAL: robust conversion of protein sequence alignments into the corresponding codon alignments.
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DOI：
10.1093/nar/gkl315
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发表时间：
2006-07-01
影响因子：
14.9
通讯作者：
Bork P
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Suyama M;Torrents D;Bork P
PAL2NAL 是一个网络服务器，它根据相应的比对蛋白质序列构建多密码子比对。这种密码子比对可用于评估编码 DNA 中核苷酸取代的类型和速率，以进行广泛的进化分析，例如识别作用于基因的选择性约束水平，或进行基于 DNA 的系统发育研究。服务器将蛋白质序列比对和相应的 DNA 序列作为输入。与其他现有应用程序相比，即使输入 DNA 序列与输入蛋白质序列不匹配，或包含非翻译区和多聚腺苷酸尾，该服务器也能够构建密码子比对。该服务器还可以处理输入模型中的移码和帧内终止密码子，因此适用于假基因的分析。另一个显着特征是用户可以指定输入比对的子区域，以便专门分析感兴趣的功能域或外显子。 PAL2NAL 服务器位于 。
PAL2NAL is a web server that constructs a multiple codon alignment from the corresponding aligned protein sequences. Such codon alignments can be used to evaluate the type and rate of nucleotide substitutions in coding DNA for a wide range of evolutionary analyses, such as the identification of levels of selective constraint acting on genes, or to perform DNA-based phylogenetic studies. The server takes a protein sequence alignment and the corresponding DNA sequences as input. In contrast to other existing applications, this server is able to construct codon alignments even if the input DNA sequence has mismatches with the input protein sequence, or contains untranslated regions and polyA tails. The server can also deal with frame shifts and inframe stop codons in the input models, and is thus suitable for the analysis of pseudogenes. Another distinct feature is that the user can specify a subregion of the input alignment in order to specifically analyze functional domains or exons of interest. The PAL2NAL server is available at .
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