PeptideBuilder: A simple Python library to generate model peptides.
PeptideBuilder: A simple Python library to generate model peptides.
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作者：
Tien MZ;Sydykova DK;Meyer AG;Wilke CO
我们提出了一个简单的Python库来从头构建多肽模型。预期的用例是生成具有预先指定的主角的肽模型。例如，使用我们的库，只需几行python代码就可以生成特定构象的一组氨基酸的模型。我们不提供任何工具的能源最小化或转子填料，因为强大的工具可用于这些目的。相反，我们提供了一个简单的Python接口，使人们能够以任何所需的构象向肽链添加残基。如果需要，可以操纵键角和键长，默认情况下使用合理的值。
We present a simple Python library to construct models of polypeptides from scratch. The intended use case is the generation of peptide models with pre-specified backbone angles. For example, using our library, one can generate a model of a set of amino acids in a specific conformation using just a few lines of python code. We do not provide any tools for energy minimization or rotamer packing, since powerful tools are available for these purposes. Instead, we provide a simple Python interface that enables one to add residues to a peptide chain in any desired conformation. Bond angles and bond lengths can be manipulated if so desired, and reasonable values are used by default.
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Biopython：用于计算分子生物学和生物信息学的免费 Python 工具。
DOI：
10.1093/bioinformatics/btp163
发表时间：
2009-06-01
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
Cock PJ;Antao T;Chang JT;Chapman BA;Cox CJ;Dalke A;Friedberg I;Hamelryck T;Kauff F;Wilczynski B;de Hoon MJ
通讯作者：
de Hoon MJ
影响因子：
5.7
作者：
Shapovalov, Maxim V.;Dunbrack, Roland L., Jr.
通讯作者：
Dunbrack, Roland L., Jr.
影响因子：
3
作者：
Zhang, Yang
通讯作者：
Zhang, Yang
影响因子：
5.8
作者：
Grant, Barry J.;Rodrigues, Ana P. C.;Caves, Leo S. D.
通讯作者：
Caves, Leo S. D.
影响因子：
5.8
作者：
Chaudhury, Sidhartha;Lyskov, Sergey;Gray, Jeffrey J.
通讯作者：
Gray, Jeffrey J.