HiGlass: web-based visual exploration and analysis of genome interaction maps.
HiGlass: web-based visual exploration and analysis of genome interaction maps.
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DOI：
10.1186/s13059-018-1486-1
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发表时间：
2018-08-24
期刊：
影响因子：
12.3
通讯作者：
Gehlenborg N
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Kerpedjiev P;Abdennur N;Lekschas F;McCallum C;Dinkla K;Strobelt H;Luber JM;Ouellette SB;Azhir A;Kumar N;Hwang J;Lee S;Alver BH;Pfister H;Mirny LA;Park PJ;Gehlenborg N
我们介绍了HiGlass，一个基于web技术的开源可视化工具，它提供了一个丰富的界面，可以快速、多路、多尺度地导航2D基因组图谱和1D基因组轨迹，允许用户组合各种数据类型，同步多种可视化模式，并与他人共享完全可定制的视图。我们展示了它在探索不同实验条件、比较分析结果和创建交互式快照以与合作者和更广泛的公众分享方面的效用。HiGlass可以在线访问http://higlass.io，也可以作为容器化的应用程序在任何平台上运行。本文的在线版本（10.1186/s13059-018-1486-1）包含补充内容，仅供授权用户使用。
We present HiGlass, an open source visualization tool built on web technologies that provides a rich interface for rapid, multiplex, and multiscale navigation of 2D genomic maps alongside 1D genomic tracks, allowing users to combine various data types, synchronize multiple visualization modalities, and share fully customizable views with others. We demonstrate its utility in exploring different experimental conditions, comparing the results of analyses, and creating interactive snapshots to share with collaborators and the broader public. HiGlass is accessible online at http://higlass.io and is also available as a containerized application that can be run on any platform. The online version of this article (10.1186/s13059-018-1486-1) contains supplementary material, which is available to authorized users.
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用于分析HI-C数据的二维分割。
DOI：
10.1093/bioinformatics/btu443
发表时间：
2014-09-01
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
Lévy-Leduc C;Delattre M;Mary-Huard T;Robin S
通讯作者：
Robin S
DOI：
10.1186/1748-7188-9-14
发表时间：
2014
期刊：
Algorithms for molecular biology : AMB
影响因子：
--
作者：
Filippova D;Patro R;Duggal G;Kingsford C
通讯作者：
Kingsford C
DOI：
10.1038/nrg3454
发表时间：
2013-06
期刊：
Nature reviews. Genetics
影响因子：
--
作者：
通讯作者：
--
影响因子：
12.3
作者：
Akdemir KC;Chin L
通讯作者：
Chin L
影响因子：
64.5
作者：
Lupiáñez DG;Kraft K;Heinrich V;Krawitz P;Brancati F;Klopocki E;Horn D;Kayserili H;Opitz JM;Laxova R;Santos-Simarro F;Gilbert-Dussardier B;Wittler L;Borschiwer M;Haas SA;Osterwalder M;Franke M;Timmermann B;Hecht J;Spielmann M;Visel A;Mundlos S
通讯作者：
Mundlos S