Using ancestry-informative markers to identify fine structure across 15 populations of European origin.
Using ancestry-informative markers to identify fine structure across 15 populations of European origin.
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使用祖先信息标记来确定15个欧洲血统人群的精细结构。
DOI：
10.1038/ejhg.2014.1
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发表时间：
2014-10
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
惠康信托病例控制联盟3神经性厌食症全基因组关联扫描包括来自15个不同欧洲人群的2907例病例，这些病例在Illumina 670K芯片上进行了基因分型。我们比较了识别人口分层的方法，并提出了可能有助于解决这一问题的标记列表。在这类研究中，通常只使用具有微小等位基因频率(MAF)和GT；5%的常见变异来识别群体结构。我们发现这可能会导致高度信息量的SNPs被丢弃，并建议改为使用所有MAF和GT；1%的SNP。我们建立了通过主成分分析确定的信息变异轴，并突出了不同欧洲后裔群体遗传结构的重要特征，其中一些是首次在这种规模上进行研究。最后，我们调查了这15个种群中每一个种群的亚结构，并确定了有助于捕获隐藏层积的SNP。这项工作可以提供关于国际联合体中联合结果的设计和解释的信息。
The Wellcome Trust Case Control Consortium 3 anorexia nervosa genome-wide association scan includes 2907 cases from 15 different populations of European origin genotyped on the Illumina 670K chip. We compared methods for identifying population stratification, and suggest list of markers that may help to counter this problem. It is usual to identify population structure in such studies using only common variants with minor allele frequency (MAF) >5% we find that this may result in highly informative SNPs being discarded, and suggest that instead all SNPs with MAF >1% may be used. We established informative axes of variation identified via principal component analysis and highlight important features of the genetic structure of diverse European-descent populations, some studied for the first time at this scale. Finally, we investigated the substructure within each of these 15 populations and identified SNPs that help capture hidden stratification. This work can provide information regarding the designing and interpretation of association results in the International Consortia.
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影响因子：
5.7
作者：
Kim, Helen;Hysi, Pirro G.;Young, William L.
通讯作者：
Young, William L.
DOI：
10.1186/2041-2223-2-1
发表时间：
2011-01-05
期刊：
Investigative genetics
影响因子：
--
作者：
Kidd JR;Friedlaender FR;Speed WC;Pakstis AJ;De La Vega FM;Kidd KK
通讯作者：
Kidd KK
影响因子：
5.3
作者：
Shriver, MD;Parra, EJ;Kittles, RA
通讯作者：
Kittles, RA
影响因子：
4.5
作者：
Price AL;Patterson N;Hancks DC;Myers S;Reich D;Cheung VG;Spielman RS
通讯作者：
Spielman RS
影响因子：
3.7
作者：
Drineas, Petros;Lewis, Jamey;Paschou, Peristera
通讯作者：
Paschou, Peristera