DSBCapture: in situ capture and sequencing of DNA breaks.
DSBCapture: in situ capture and sequencing of DNA breaks.
复制标题
DOI：
10.1038/nmeth.3960
复制
发表时间：
2016-10
期刊：
影响因子：
48
通讯作者：
Balasubramanian, Shankar
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Lensing, Stefanie V.;Marsico, Giovanni;Hansel-Hertsch, Robert;Lam, Enid Y.;Tannahill, David;Balasubramanian, Shankar
双链DNA断裂（DSBs）不断出现并引起突变和染色体重排。在这里，我们提出了DSBCapture，这是一种基于测序的方法，可以捕获DSBsin位点，并在单核苷酸分辨率下直接绘制这些位点，从而能够研究DSB的起源。与其他方法相比，DSBCapture的灵敏度和数据产出率显著提高。利用DSBCapture，我们发现了dsb与核小体缺失染色质中转录升高之间的惊人关系。
Double-strand DNA breaks (DSBs) continuously arise and cause mutations and chromosomal rearrangements. Here, we present DSBCapture, a sequencing-based method that captures DSBsin situand directly maps these at single-nucleotide resolution, enabling the study of DSB origin. DSBCapture shows substantially increased sensitivity and data yield compared with other methods. Using DSBCapture, we uncovered a striking relationship between DSBs and elevated transcription within nucleosome-depleted chromatin.
登录
查看更多内容
DOI：
10.1073/pnas.1504868112
发表时间：
2015-06-16
影响因子：
11.1
作者：
Gursoy-Yuzugullu, Ozge;Ayrapetov, Marina K.;Price, Brendan D.
通讯作者：
Price, Brendan D.
影响因子：
16
作者：
Fong, Yick W.;Cattoglio, Claudia;Tjian, Robert
通讯作者：
Tjian, Robert
影响因子：
46.9
作者：
Chambers, Vicki S.;Marsico, Giovanni;Balasubramanian, Shankar
通讯作者：
Balasubramanian, Shankar
影响因子：
46.9
作者：
Tsai, Shengdar Q.;Zheng, Zongli;Nguyen, Nhu T.;Liebers, Matthew;Topkar, Ved V.;Thapar, Vishal;Wyvekens, Nicolas;Khayter, Cyd;Iafrate, A. John;Le, Long P.;Aryee, Martin J.;Joung, J. Keith
通讯作者：
Joung, J. Keith
影响因子：
48
作者：
Crosetto, Nicola;Mitra, Abhishek;Silva, Maria Joao;Bienko, Magda;Dojer, Norbert;Wang, Qi;Karaca, Elif;Chiarle, Roberto;Skrzypczak, Magdalena;Ginalski, Krzysztof;Pasero, Philippe;Rowicka, Maga;Dikic, Ivan
通讯作者：
Dikic, Ivan